مهم‌ترین هدف مرسی کاهش نقش و حضور نظامیان در عرصه سیاسی و به تعبیری برگرداندن نظامیان به پادگان‌ها بود. تصمیمی که در همان مقطع نیز پیش‌بینی می‌شد نظامیان چندان با آن موافق نباشند و تحمل نکنند چراکه در قریب نیم قرن گذشته مهم‌ترین نیروی سیاسی و لابی اثرگذار در مصر نظامیان بودند و به این راحتی آن را برنتابند اما به اقتضای شرایط بخصوص حمایت مردمی‌ای که از رئیس‌جمهور منتخب می‌شد به آن تن دادند.
اما با گذشت زمان و عدم توانایی مرسی در کنترل شرایط و تجمیع نظرات گروه‌ها و احزاب گوناگون، سبب خیزش امواج اعتراضی در مصر شد تا در نهایت به شکل گیری کمپین تمرد و جمع‌آوری طومار برای برکناری مرسی منجر شود. اعتراضاتی که در میدان التحریر -که به عنوان نماد انقلاب در مصر شناخته می‌شود- شعله ور شد روز یک‌شنبه به اوج خود رسید که منجر به کشته شدن بیش از 10نفر و زخمی شدن صدها نفر شد و این بار شعارها به‌جای «الشعب یرید اسقاط النظام» به «الشعب یرید اسقاط اخوان» تغییر پیدا کرد و مردم به‌جای حمله به دفاتر حزب مبارک به دفاتر اخوان المسلمین هجوم بردند و این موج اعتراضات موجب ورود و حضور نظامیان شد که البته این ورود و حضور جدی و پررنگ بود و اولتیماتوم 48 ساعته‌ای به مرسی می‌داد تا اوضاع را ساماندهی کند. اولتیماتومی که موجب خوشحالی معترضین و البته رد از سوی رئیس‌جمهور شد.
اگرچه بیانیه اول عبدالفتاح السیسی، رئیس ستاد ارتش مصر این شائبه را به‌وجود آورد که ارتش در صدد کودتا و دخالت در روند معادلات در این کشور است اما بیانه دوم ارتش به صراحت ضمن رد این احتمال اعلام کرد: در خیال حکمرانی بر کشور نیست و از نقش تعریف‌شده قبلی‌اش قدم فراتر نمی‌گذارد. مسئله دیگری که همگام با اعتراضات خیابانی و مداخله احتمالی ارتش در مصر قابل توجه است موج استعفای وزرای کابینه هشام قندیل و استانداران است که به نحوی با همراهی با معترضان عملا روند تصحیح و بهبود شرایط در مصر را غیر ممکن می‌کند.
عملکرد یکساله مرسی نشان می‌دهد اگرچه وی در نظر قائل به جمع نظرات گروه‌ها و همه مردم در تصمیمات است اما در عمل به رای خود عمل می‌کند امری که در چند تصمیم مهم او در یک‌سال حکومتش مشاهده شد. نقش ارتش در این برهه حساس می‌تواند به ارتقای جایگاه این نهاد اثرگذار در مصر بینجامد چرا که عملکرد مثبت ارتش در زمان وقوع جنبش مردمی و کمترین برخورد با معترضین با عدم دخالت طی یک‌سال گذشته، اکنون با ورود قهرمانانه برای کاهش درگیری و تنش و برقراری ثبات و آرامش همراه شده است که می‌تواند در استمرار حضور ارتش در آینده سیاسی مصر بسیار کمک نماید.
