آنچه از منابع علمی متعدد برمی‌آید حاکی از این است که عرضه تخم‌مرغ و مصرف آن دسته از تخم‌مرغ‌هایی که فاقد بسته‌بندی هستند و به اصطلاح بصورت فله در بازار به فروش می‌رسند، عملی کاملا غیر بهداشتی و ناسالم است. گرچه تخم‌مرغ برای حفاظت از محتویات خود از دو عامل خارجی و داخلی کمک می‌گیرد اما این محافظت به معنای مصونیت تخم‌مرغ از انواع آلودگی‌های خارجی نیست. در اینجا دو بحث شکل می‌گیرد؛ یکی آلودگی‌های فیزیکی، شیمیایی و محیطی تخم‌مرغ مانند آغشته شدن پوسته به مدفوع یا انواع میکروب و ویروس و دیگری عدم امکان شست‌وشوی وضدعفونی آلودگی‌های روی پوسته تخم‌مرغ تا پیش از مصرف.
تخم‌مرغ به هنگام خروج از بدن مرغ در مرغداری‌ها محتمل است که دچار برخی آلودگی‌های فیزیکی در محیط بشود که غیر قابل اجتناب است. اینجاست که اولین تفاوت تخم‌مرغ بسته‌بندی با تخم‌مرغ فله در بحث پاکیزگی آشکار می‌شود. عرضه‌کنندگان تخم‌مرغ فله، تخم‌مرغ‌های آلوده را از تخم‌مرغ‌های تمیز جدا نمی‌کنند و همین است که به هنگام خرید تخم‌مرغ‌های فله بسیار پیش می‌آید که با تخم‌مرغ‌ها آغشته به مدفوع یا دیگر انواع آلودگی روبرو شویم. در کارخانه‌های تولیدکننده تخم‌مرغ بسته‌بندی، تخم‌مرغ آلوده از خط خارج شده و به هیچ عنون اجازه ورود آن‌ها به داخل بسته‌بندی داده نمی‌شود. این اولین استانداردی است که به موجب وجود بسته‌بندی برای تخم‌مرغ‌های شناسنامه‌دار لحاظ می‌شود.
نکته‌ی دیگری که در مورد تخم‌مرغ و لایه محافظ کوتیکول روی پوسته آن وجود دارد، شست‌وشوی پوسته است. سوال اینجاست که تخم‌مرغ آلوده را چه باید کرد؟ آیا با شستن از شر آلودگی‌های تخم‌مرغ خلاص می‌شویم؟ جواب این سوال برخلاف باور عمومی خیر است؛ با شستن تخم‌مرغ شاید ظاهرا پوسته آن را از آلودگی‌های فیزیکی بزداییم اما علاوه بر پاکسازی ظاهری، لایه‌ی کوتیکول نیز همزمان از بین رفته و نفوذ آلودگی به درون تخم‌مرغ ساده‌تر می‌شود و در برابر آلودگی‌های محیطی کاملا آسیب‌پذیر خواهد شد.
به همین خاطر است که تضمین سلامت تخم‌مرغ تنها در صورتی است که درون بسته‌بندی عرضه شود. زیرا کارخانه‌های تولید تخم‌مرغ بسته‌بندی، تخم‌مرغ‌های آلوده را درون بسته‌بندی قرار نمی‌دهند. ضمن اینکه نگرانی از بهداشت تخم‌مرغ‌های شانه‌ای و فله‌ای، از این بابت سات که قابلیت شستشو و ضدعفونی نداشته و لذا مردم نمی‌توانند آن‌ها را بدون حفاظ داخل یخچال بگذارند زیرا آلودگی تخم‌مرغ ممکن است در تمام یخچال پخش شده و دیگر اقلام داخل فضای یخچال را نیز آلوده کند. حتی وجود یک تخم‌مرغ آلوده در شانه‌های تخم‌مرغ فله می‌تواند باعث تسری این آلودگی به دیگر تخم‌مرغ‌های پاکیزه و سایر مواد غذایی شود.
علاوه بر این، خریداری تخم‌مرغ شناسنامه‌دار بسته‌بندی نه تنها سلامت و بهداشتی است بلکه صرفه اقتصادی نیز دارد؛ زیرا هم امکان حذف ضایعات تخم‌مرغ را فراهم می‌کند و هزینه فایده منطقی دارد و هم فرهنگ تازه‌خوری را با انتخاب مشتری برای بسته‌بندی‌های متناسب مصرف خانوار ترویج داده و از طرفی ضایعات تخم‌مرغ فله دورریز نمی‌شود بلکه پس از سالم‌سازی و پاستوریزاسیون به مصرف صنایع غذایی می‌رسد که فرآیندی متداول در بین تمام کشورهای دنیا به حساب می‌آید.
