همچنین 925 هکتار از اراضی موسوم به 2400 هکتاری بندر شهید رجایی و 254 هکتار از اراضی بندر شهید باهنر در تصرف دیگران است. در خصوص بخشی از اراضی استحصال شده و اسکله صیادی قدیمی بندر انزلی توسط اداره کل منابع طبیعی اقامه دعوی شده که پیگیری‌های حقوقـی تاکنون به نتیجه نرسیده است.
توجیهات کافی در خصوص تعداد 24 فقره پروژه‌های در جریان تکمیل راکد جمعاً به مبلغ 639 میلیارد ریال به سازمان حسابرسی ارائه نشده است. مضافاً 73 فقره پروژه‌هایی که به شکل ساخت، بهره‌برداری و انتقال (BOT) امضا شده، تعهدات اشخاص طرف قرارداد از لحاظ آماده‌سازی زمین، نصب تجهیزات، سوله و غیره و پرداخت اجاره‌بها انجام نشده است.
از جمله شرکت‌های برادران مجدپور، شکر نوین خلیج‌فارس و پاسارگاد نور آسا در بندر امام، شرکت‌های بناگستر کرانه، بیناس انرژی و آفاق جهان‌گستر بندر در بندر شهید رجایی، شرکت‌های پتروسازان لیپار، چابهار پالایش صنعت و شرکت مرجان شمال و جنوب در بندر چابهار و در بنادر بوشهر، نوشهر، انزلی و امیرآباد.
به گزارش تسنیم، در بخش دیگری از گزارش سازمان حسابرسی درآمدهای عملیاتی سازمان بنادر و دریانوردی در سال 1401 بالغ بر 134 میلیون و 148 هزار و 390 ریال (حدود 13 هزار و 400 میلیارد تومان) اعلام شده است. این رقم تقریباً 3400 میلیارد تومان بیشتر از درآمدهای سال 1400 است.
در سال مالی مورد گزارش مبلغ 2945 میلیارد ریال (سال‌های مالی قبل مبلغ 5196 میلیارد ریال) سود حساب‌های بانکی مربوط به پیش‌پرداخت پروژه طرح توسعه بندر شهید بهشتی چابهار پرداختی به شرکت آریا بنادر ایرانیان (پیمانکار پروژه) علی‌رغم آن‌که طبق قرارداد مذکور متعلق به سازمان بنادر و دریانوردی است به‌جای شناسایی به‌عنوان درآمد در سرفصل اندوخته سرمایه‌ای منظور شده است. رویه‌های موردعمل از صحت لازم برخوردار نبوده و برخلاف استانداردهای حسابداری است.
ابهام نسبت به مالیات‌های تکلیفی
بابت مالیات تکلیفی سال‌های 89 و 90 مالیات حقوق و مالیات و عوارض بر ارزش‌افزوده سال 1400 جمعاً 4446 میلیارد ریال شامل 3421 میلیارد ریال اصل و 1025 میلیارد ریال جرائم مطالبه شده که مورد اعتراض سازمان بنادر قرار گرفته و در جریان پیگیری است.
ابهام نسبت به پیامدهای آتی دعاوی حقوقـی
همانگونه که در یادداشت‌های توضیحی 2-1-30 تا 10-1-30 منعکس شده در نتیجه دعاوی مطروحه محاکم قضایی سازمان بنادر و دریانوردی محکوم به پرداخت 3473 میلیارد ریال شده که نسبت به مبلغ 463 میلیارد ریال از ادعای فوق از طریق اعاده دادرسی در حال پیگیری است. اقدامات به‌عمل آمده نسبت به 3010 میلیارد ریال نیز در مرحله تجدیدنظر خواهی است.
