«در پی انتشار نامه پوزش‌خواهی مرحوم آیت‌الله آذری قمی از رهبر معظم انقلاب اسلامی در رسانه‌ها و طرح برخی ادعاها و تردیدها در صحت و تاریخ آن، برخی از پژوهشگران تاریخ انقلاب اسلامی و تعدادی از مراکز و مؤسسات فعال در حوزه مطالعات تاریخی، طی نامه‌ای با اشاره به اهمیت موضوع و مباحث پیش آمده، از دفتر حفظ و نشر آثار حضرت آیت‌الله العظمی خامنه‌ای مدظله‌العالی درخواست روشنگری و رفع ابهام کردند.
این دفتر در پاسخ به این درخواست اعلام می‌کند مرحوم آیت‌الله آذری قمی مکاتبات متعددی با رهبر معظم انقلاب مدظله‌العالی داشته که از جمله‌ی آنها دو نامه مشتمل بر عذرخواهی از معظم‌له است. نامه اول در ۱۳۷۵/۳/۱۲ برابر با ۱۴ محرم ۱۴۱۷ نگارش شده که در صفحه ۱۶۶ کتاب «روشن‌بینی امام خمینی رحمة‌الله‌علیه» تألیف آیت‌الله ری‌شهری دامت‌برکاته درج شده و اخیراً توسط مؤسسه تنظیم و نشر آثار حضرت امام خمینی قدس‌سره‌الشریف منتشر شده است. مرحوم آیت‌الله آذری قمی در نامه‌ی دیگری در تاریخ ۱۳۷۶/۲/۱ با اشاره به نامه‌ی اول، به همین مضمون تصریح کرده و در بخشی از آن نوشته است: «در نامه‌ای که توسط آقای مسعودی تقدیم شد جهت را سؤال کرده بودید ایشان نمی‌دانستند. در اوائل مسئله مرجعیت من فکر می‌کردم که شما هم به دنبال مقام هستید. با توسل به حضرت عباس سلام‌الله علیه مشکلم فوراً حل شد و شنیدم که فرزندان خود را به آقای بهجت ارجاع داده‌اید. در هر صورت من سخت احساس مظلومیت و محرومیت از خدمت به نظام می‌نمایم و از شما توقع دارم که آن را رفع نمائید و اگر با آن سوء ظن به شما جسارت شده مرا ببخشید.»
این دفتر برای رفع هرگونه ابهام و به منظور بهره‌برداری همه‌ی علاقمندان بخصوص پژوهشگران حوزه تاریخ انقلاب اسلامی، تصویر آنها را منتشر می‌کند.»
در ادامه، نامه برخی از موسسات فعال در حوزه مطالعات تاریخی درباره سندیت نامه عذرخواهی مرحوم آذری قمی از رهبری را می‌خوانید:
«بسم الله الرحمن الرحیم
حضور محترم ریاست دفتر حفظ و نشر آثار حضرت آیت‌الله العظمی خامنه‌ای مدظله‌العالی
سلام علیکم
همان‌گونه که مستحضر هستید در ماه گذشته برخی از رسانه‌های مکتوب و مجازی برای اولین بار متن و تصویر نامه‌ای منسوب به مرحوم آقای آذری قمی با مضمون عذرخواهی وی از مقام معظم رهبری و اظهار پشیمانی از مواضعی که بر علیه ایشان اتخاذ کرده بود را منتشر کردند که منجر به واکنش‌هایی نسبت به آن شده‌است.
یکی از مهم‌ترین این واکنش‌ها تشکیک در اصل وجود نامه و صحت تاریخ انتشار نامه است. شایان ذکر است که در برخی منابع تاریخی همچون کتاب خاطرات آیت الله‌العظمی شبیری زنجانی با عنوان "جرعه‌ای از دریا"، ج۴ ص۶۵۳ و همچنین در تصویری که از دستخط آن مرحوم توسط یکی از خبرگزاری‌ها منتشر شده‌است، صدور آن در تاریخ ۲۷ اردیبهشت سال ۱۳۷۶ دانسته شده است. در حالی که در برخی آثار تاریخی همچون کتاب "روشن‌بینی امام خمینی رحمه‌الله در نامه ۱۳۶۸/۱/۶" تألیف آیت الله ری‌شهری، ص ۱۶۶ که از سوی مؤسسه عروج وابسته به مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی(ره) منتشر شده، تاریخ صدور نامه ۱۲ خرداد ۱۳۷۵، قید شده است.
گفتنی است منبع اخیر، این نامه و تاریخ نگارش آن را به «مرکز اسناد دفتر حفظ و نشر آثار حضرت آیت‌الله العظمی خامنه‌ای» استناد کرده است.
با توجه به تهافت یاد شده در تاریخ صدور نامه در این منابع و ابهام به وجود آمده پیرامون آن و اهمیت ثبت مضمون نامه به عنوان سندی مهم و عبرت‌آموز در تاریخ انقلاب اسلامی، تقاضا مندیم که آن مرکز نظر صریح خود را درباره تاریخ، مضمون نامه و اصالت تصویر منتشر شده از آن نامه، برای صیانت از حافظه تاریخی ملت و اسناد تاریخی که افراد و جریان‌هایی در صدد مخدوش سازی و تحریف آنها هستند، اعلام کند.
۱. بنیاد تاریخ‌پژوهی و دانشنامه انقلاب اسلامی
۲. مرکز اسناد انقلاب اسلامی
۳. موسسه مطالعات تاریخ معاصر ایران
۴. مرکز بررسی اسناد تاریخی
۵. دفتر مطالعات و تدوین تاریخ ایران
۶. مؤسسه مطالعات و پژوهش‌های سیاسی»
