باستان‌شناسان اعتقاد دارند در این کوه بیش از ۳ هزار سال پیش غاری وجود داشته که احتمالاً محل نیایش و عبادت حضرت خضر نبی بوده است. استان قم در تمام فصول میزبان زائران و مسافران بسیاری از سراسر کشور است و این استان اغلب در میان گردشگران با تنها جاذبه‌های مذهبی خود یعنی حرم حضرت معصومه (س) و مسجد مقدس جمکران شناخته می‌شود اما در این استان علاوه بر این امکان مقدس، جاذبه‌های تاریخی و مذهبی دیگری نیز برای بازدید وجود دارد که یکی از این جاذبه‌های طبیعی و دیدنی کوه خضر نبی است. کوه خضر نبی با ارتفاع ۳۰۰ متر در ۶ کیلومتری مرکز قم قرار دارد و این شهر از فراز این کوه؛ بسیار دیدنی است و مسجد مقدس جمکران نیز در نزدیکی این کوه واقع شده است. در سال ۱۳۸۱ نیز تعداد ۱۴ شهید گمنام دوران دفاع مقدس در دامنه این کوه خاکسپاری شدند که تدفین این تعداد شهید گمنام در یک مکان در کشور بی سابقه است و به برکت حضور همین شهدای گمنام، این مکان به قطب فرهنگی شهر نیز تبدیل شده است. نام این کوه را بر اساس روایت‌ها به دو دلیل به این اسم می‌نامند، دلیل اول اینکه عده‌ای کوه را محل عبادت حضرت خضر نبی می‌دانند و دلیل دیگر این بوده که می‌گویند خاک و سنگ این منطقه به رنگ سبز بوده و خضر به معنی سبز است و این کوه به خضر مشهور شده باستان‌شناسان اعتقاد دارند در این کوه بیش از ۳ هزار سال پیش غاری وجود داشته که احتمالاً محل نیایش و عبادت حضرت خضر نبی بوده است. در آن دوران قم، تا به این قسمت گسترش نیافته بود و به همین دلیل کوه خضر و غار موجود در آن، محلی خلوت و امن برای عبادت و نیایش بوده است و بعدها نیز عارفان بسیاری به این مکان برای عبادت می‌آمدند و این غار امروز به یک مسجد کوچک تبدیل شده که زائران برای عبادت به آنجا می‌روند.