طبق اطلاعیه معاونت مسکن و ساختمان وزارت راه و شهرسازی ثبت‌نام مرحله دوم طرح ملی مسکن از ساعت 10 صبح روز شنبه 98/12/17 آغاز می‌شود و ساعت 24 روز یکشنبه 98/12/18 پایان خواهد یافت.
متقاضیان مرحله دوم طرح ملی مسکن می‌توانند با مراجعه به سامانه بدون محدودیت در ظرفیت، ثبت‌نام کنند و پس از اتمام زمان ثبت‌نام و پایان پالایش متقاضیان بر اساس شرایط طرح، متقاضیان نهایی مطابق ظرفیت احصاشده برای هر شهر، از طریق قرعه‌کشی انتخاب می‌شوند.
افرادی که در مرحله اول ثبت‌نام و به‌عنوان متقاضی اولیه پیامک احراز شرایط را دریافت کرده‌اند چنانچه در بازه زمانی اعلام‌شده، انصراف خود را در سامانه ثبت کرده باشند، می‌توانند در این مرحله ثبت‌نام کنند، در این خصوص لازم به ذکر است که متقاضیانی که نسبت به عدم احراز شرایط در مرحله اول ثبت‌نام اعتراض کرده‌اند، چنانچه حائز شرایط تشخیص داده شوند، نیازی به ثبت‌نام مجدد ندارند و در فرایند قبلی ثبت‌نام طرح ملی مسکن قرار می‌گیرند.
همچنین در شهرهایی که در مرحله اول و دوم ثبت‌نام قرار نداشته‌اند، در صورت تأمین زمین در مراحل بعدی در این شهرها نیز ثبت‌نام صورت می‌گیرد.
شهرهای دارای ظرفیت ثبت‌نام در مرحله دوم 5 استان به‌شرح ذیل است:
1 ــ البرز؛ نظرآباد و فردیس
2 ــ اصفهان؛ کاشان، خمینی‌شهر، شاهین‌شهر، شهرضا، مبارکه، زرین‌شهر، گلپایگان، دولت‌آباد، سمیرم، نائین، اردستان، مهاباد، زواره، نیک‌آباد، محمدآباد، نصرآباد، کوهپایه، سجزی، تودشک، قهجاورستان، حسن‌آباد، ورزنه، هرند، اژیه، خوانسار، کمه، حنا، داران، فریدونشهر، برف‌انبار، منظریه، قمصر، جوشقان‌قالی، نیاسر، برزک، سده لنجان، انارک، دهق، علویجه، بادرود، خالدآباد، میمه، ورزوان، لای‌بید، ابوزیدآباد، نوش‌آباد، تیران، چادگان، رزوه، دهاقان، حبیب‌آباد، کمشچه، خور، فرخی و جندق
3 ــ اردبیل؛اردبیل و خلخال
4 ــ آذربایجان شرقی؛مراغه، مرند، میانه، بناب، اهر، عجب‌شیر، سراب، ملکان، هادی‌شهر، هوراند، خسروشاه، دوزدوزان، کشکسرای، هشترود، بستان‌آباد، صوفیان، شبستر، تسوج، کلیبر، خواجه، هریس، گوگان، ممقان، ایلخچی، اسکو، قره‌آغاج، خاروانا، ورزقان و خمارلو
5 ــ آذربایجان غربی؛ارومیه، خوی، مهاباد، نقده، سردشت، شاهین‌دژ، تکاب، اشنویه، محمدیار و سیه‌چشمه
