دادستانی اتهامات وی را ایجاد و تأسیس حدود 50 شرکت مختلف بازرگانی، کسب اعتبار موهوم از طریق مانورهای متقلبانه، برداشت 38 میلیارد و 10 میلیون ریال به دفعات مختلف و پرداخت آن به اشخاص به عنوان رشوه، جعل اسناد اعلام کرد. تبانی در معاملات دولتی، اغوای مسؤولان بانکها، تسهیل و دریافت ارز، عدم به کارگیری تسهیلات در امر صادرات و واردات و ایجاد رکود در امر صادرات واردات، تهیه پیمان نامه‌های غیرقانونی و اخذ مقادیر قابل توجهی از این طریق از جمله کیفرخواست نماینده مدعی العموم است.
در تاریخ 2 اسفند 1385 مجتمع ویژه جرائم اقتصادی اعلام کرد که شهرام جزایری در جریان انتقال برای معرفی داراییهایش موفق شده‌است مأموران محافظ خود را فریب داده و بگریزد. دادگاه شهرام جزایری در غیاب وی به کار خود ادامه داد و در 7 اسفند 1385 او را به 14 سال زندان، 10 سال تبعید، 10 سال محرومیت از فعالیت‌های بازرگانی و تجاری و جریمه نقدی 122 میلیون و 840 هزار و 200 دلاری محکوم کرد.
محمود هاشمی شاهرودی رئیس قوه قضاییه در 12 اسفند 1385 رئیس مجتمع ویژه جرائم اقتصادی و چند تن دیگر از مقامات مسئول در پرونده شهرام جزایری از جمله رئیس زندان اوین را برکنار کرد. پس از بیان حدس‌ها و احتمالات گوناگون و رسیدن خبرهای ضد و نقیض از دیده شدن شهرام جزایری در دبی، طبس و مناطق دیگر جهان، در تاریخ 27 اسفند 1385 مقامات اطلاعاتی ایران اعلام کردند موفق شده‌اند وی را در روستایی در کشور عمان دستگیر کنند. در روز 28 اسفند به ایران بازگردانده شد.
شهرام جزایری صبح جمعه، 11 مهر 1394 پس از گذراندن 13 سال حبس در سن 43 سالگی از زندان آزاد شد.
جزایری در خصوص دوران محکومیتش، اینگونه اظهارنظر می‌کند:«حقیقتاً من در طول مدت حبس و زندان به مدت 13 سال، آنقدر فشارهای سنگین داشتم که درحقیقت، هر لحظه اعدام می‌شدم و دوباره زنده می‌شدم تا زجر و سختی را مجدداً متحمل شوم. اگر به گذشته باز می‌گشتم و حق انتخاب میان حکم اعدام و حبس 13 ساله را داشتم، اعدام را انتخاب می‌کردم.» وی همچنین اعلام کرد که به زودی به فعالیت‌های اقتصادی بازخواهد گشت.
