آیت‌الله العظمی سید جواد خامنه‌ای پس از سالها زندگی در زادگاه و سپری کردن دوران تحصیل در تبریز، مشهد و نجف و کسب مقام اجتهاد به مشهد مقدس کوچ کرد و در جوار بارگار اما رضا (ع) اقامت گزید، سید جواد در مشهد از حوزه درسی آیت‌الله آقازاده خراسانی و حاج آقا حسین قمی کسب فیض کرد و به مدارج عالی رسید.
ایشان در مشهد به تدریس، تعلیم و تربیت طلاب و ارشاد مردم مشغول بود و چندین سال متمادی امامت جماعت مسجد صدیقی‌ها یا مسجد آذربایجانی‌ها (ترک‌ها) را برعهده داشت.آیت‌الله العظمی سید جواد خامنه‌ای در روزهای سیاه اختناق رژیم ستمشاهی، رنج و فشار روزافزون آن دستگاه جبار را بر خانواده و فرزندان خود تحمل کرد و در همه عمر، روی خوش به دشمنان اسلام نشان نداد.
ایشان سرانجام در پانزدهم تیر 1365 در 91 سالگی وفات یافت و در جوار مرقد مطهر امام رضا(ع) به خاک سپرده شد.
جمعیت باشکوه حاضران در مراسم تشییع و خاکسپاری ایشان و همچنین حضور گسترده اقشار مختلف مردم مشهد و سراسر ایران بر محبوبیت، مردمی بودن ایشان صحه گذاشت.
دامان پاک آیت‌الله العظمی سید جواد خامنه‌ای محل پرورش فرزندانی رشید و صالح بود که در راس آنها حضرت آیت‌الله سید‌علی خامنه‌ای، رهبر فرزانه انقلاب قرار داشت.
همزمان با سالروز رحلت این عالم ربانی، باید به سراغ کسانی می‌رفتیم که اندک خاطره‌ای از این مجاهد فقیه به یاد داشته باشند. پس از پرس و جوهای فراوان به فردی انقلابی و قدیمی در مشهد رسیدیم: حاج علی شمقدری. محل قرارمان نیز جایی بود که مناسبت زیادی با موضوع مصاحبه داشت: حسینیه آیت‌الله العظمی خامنه‌ای مشهد، اندرزگو 12، مقابل باب الجواد. ساعت قرارمان نیز 21:30 دقیقه 14 تیرماه است، شب رحلت آیت‌الله العظمی سید جواد خامنه‌ای.
محفل انس با قرآن در حسینیه آیت‌الله العظمی خامنه‌ای مطابق معمول سال‌های قبل برپا شده است، حاج علی آقا در گوشه‌ای از حسینیه در حال خط بردن قرآن است. حضور طیف‌های گسترده جوانان در این مراسم نشانگر پویایی و الفت جوانان مشهدی با حسینیه آیت الله خامنه‌ای است.
مدیرکل کتابخانه‌های خراسان رضوی، مدیرکل اوقاف خراسان رضوی و همچنین شحات انور قاری معروف مصری نیز به جمع حاضران در حسینیه می‌پیوندند.
پذیرایی از مهمانان و حاضران در حسینیه آیت‌الله العظمی خامنه‌ای با نظم و ترتیب خاصی در حال انجام است. برای مصاحبه با حاج علی آقای شمقدری که برای مصاحبه هماهنگ می‌کنیم، مصاحبه را به بعد از اتمام جلسه قرآن موکول می‌کردند. ما نیز به جمع حاضران در جلسه روخوانی قرآن می‌پیوندیم و از صوت زیبای قاری مصری بهره‌مند می‌شویم.
با پایان جلسه قرآن، فرصتی می‌شود تا با حاج علی شمقدری همکلام شویم.
وی که تولیت حسینیه آیت‌الله العظمی خامنه‌ای مشهد مقدس را نیز برعهده دارد در ارتباط با زندگی آیت الله سید جواد خامنه‌ای و ساده زیستی ایشان این گوینه سخن خود را آغاز می‌کند: زندگی ساده و در عین حال همراه با عزت نفس آقا سید جواد خامنه‌ای مشهور بود و ظاهر منزل ایشان که اکنون با نام حسینیه آیت‌الله خامنه‌ای در مشهد شناخته می‌شود، خود شاهدی بر این مدعاست و زندگی و اخلاق زاهدانه ایشان را نشان می‌دهد.
شمقدری ادامه می‌دهد: آقا سید جواد خامنه‌ای در دوران ریاست‌جمهوری مقام‌معظم‌رهبری چند بار به تهران آمدند تا ایشان را ببینند و هر دفعه مقام معظم‌رهبری احترام فوق‌العاده زیادی را نسبت به ایشان روا می‌داشتند.
تولیت حسینیه آیت‌الله خامنه‌ای مشهد‌مقدس با اشاره به رابطه مثال‌زدنی بین مرحوم آقا سید جواد خامنه‌ای و مقام‌معظم‌رهبری افزود: ارادت مقام‌معظم‌رهبری نسبت به پدرشان غیر از رابطه پدر و پسری‌شان بود و این احترام به پدر را حتی در مراسم تشییع و خاکسپاری آن مرحوم نیز با همان ارادت و علاقه انجام دادند و صورت مبارک‌شان را به کف پای پدرشان می‌کشیدند.
شمقدری با ذکر خاطراتی از آقا سید جواد خامنه‌ای، به دو خاطره مقام‌معظم‌رهبری از پدرشان اشاره کرد و گفت: خود مقام‌معظم‌رهبری نقل فرموده‌اند که در مقطعی از مبارزات علیه رژیم منحوس پهلوی، اقدام به اعتصاب غذا در زندان نمودند و آقا سید جواد پس از اطلاع از این اقدام مقام‌معظم‌رهبری به ایشان توصیه نمودند که به فکر سلامتی‌شان هم باشند و مقام‌معظم‌رهبری تا زمانی‌که پدرشان اجازه ندادند، این اقدام را ادامه ندادند.
وی درباره توجه مقام‌معظم‌رهبری به پدرشان افزود: زمانی‌که ایشان برای تحصیل در نجف اقامت داشتند، آقا سید جواد در اثر بیماری، تب شدیدی کردند و مقام‌معظم‌رهبری پس از اطلاع از این وضعیت، با وجود علاقه‌ای که به ادامه تحصیل در نجف داشتند، بلافاصله درس را رها کرده و به مشهد بازگشتند و در مشهد به ادامه تحصیل پرداختند.
تولیت حسینیه آیت‌الله خامنه‌ای مشهد‌مقدس در پاسخ به سئوالی پیرامون نحوه زندگی آقا سید جواد خاطرنشان کرد: عمده تلاش ایشان در مباحث علمی و تدریس علوم دینی می‌گذشت و کم‌تر در مباحث سیاسی وارد می‌شدند، اما پدربزرگ و خانواده مادری مقام‌معظم‌رهبری به‌طور فعال در مبارزات علیه رژیم پهلوی شرکت داشتند که شرح تفصیلی آن در کتاب شرح اسم که پیرامون زندگی مقام‌معظم‌رهبری نگاشته شده آمده است.
شمقدری افزود: زندگی ساده و در عین حال همراه با عزت نفس آقا سید جواد خامنه‌ای مشهور بود و ظاهر منزل ایشان که اکنون با نام حسینیه آیت‌الله خامنه‌ای در مشهد شناخته می‌شود، خود شاهدی بر این مدعاست و زندگی و اخلاق زاهدانه ایشان را نشان می‌دهد.
وی با ذکر خاطراتی از روز رحلت آقا سید جواد خامنه‌ای در 14 تیرماه 1365، حضور مردم وفادار مشهد در مراسم خاکسپاری و ترحیم ایشان را زایدالوصف برشمرد.
