صراط: آیت‌الله ملکوتی مدتی بود که به علت بیماری ریوی در بیمارستان مسیح دانشوری تهران بستری شده بود، امروز جان به جان آفرین تسلیم کرد.
حجت الاسلام محمدی گلپایگانی رییس دفتر مقام معظم رهبری، علی لاریجانی رییس مجلس و آیت‌الله مجتهد شبستری نماینده ولی فقیه در استان از وی در بیمارستان عیادت کردند.
مسلم ملکوتی در هفتم شهریور سال 1302 هجری شمسی مطابق با 17 محرم 1342 هجری قمری در خانواده‌ای مذهبی به دنیا آمد. پدرش مشهدی یوسف، کشاورزی متدین بود و با علمای منطقه ارتباط مستمر داشت. وی که به آموزش علم و خواندن و نوشتن علاقه‌مند بود به مکتب خانه می‌رفت و فرزندش مسلم را نیز با خود به آن‌جا می‌برد.
تحصیلات
از پنج سالگی نزد پدرش به آموختن روخوانی و حفظ قرآن پرداخت، در شش سالگی حافظ سوره‌های قرآن (از اوّل تا سوره قاف) بود، سپس نزد یکی از علمای منطقه که از منسوبانش بود به تکمیل آموخته‌های خود پرداخت و در مدتی اندک خواندن، نوشتن و قرآن مجید را فراگرفت. سپس برای ادامه تحصیل به شهر سراب در چهار کیلومتری زادگاهش رفته و در آن شهر کتاب‌های متداول ادبی از قبیل مقدمات، سیوطی، شرح جامی، مغنی، مطول و مقداری از منطق و اصول فقه مانند کتاب‌های حاشیه و معالم را نزد علمای آن زمان همچون میرزا رضاقلی، میرزا یعقوب، میرزا غلامعلی اصغری و میرزا حسین محدثی فرا گرفت.
در هفده سالگی برای ادامه تحصیل به تبریز مهاجرت کرد و در مدرسه طالبیه مشغول تحصیل شد. در تبریز به مدت چهار سال از علمای آن عصر، کتاب‌های شرح لمعه، رسائل، مکاسب و کفایه را فراگرفت. اساتید او در این زمان سید مهدی انگجی، میرزا فتاح شهیدی (نماینده آیت‌الله سید ابوالحسن اصفهانی)، حاج میرزا محمود دوزدوزانی و سید محمد بادکوبه‌ای و جمعی دیگر بودند. در طول اقامت و تحصیل مستمر در حوزه علمیه تبریز، کتاب‌هایی را که پیش‌تر خوانده بود به طلاب تدریس می‌کرد.
مهاجرت به قم
در سال 1321 پس از به پایان رساندن دوره سطح در حوزه علمیه تبریز، برای ادامه تحصیل و بهره گیری از علماء حوزه علمیه قم، به شهر [قم] مهاجرت کرد. در آن زمان به دلیل تلاش‌های شیخ عبدالکریم حائری بنیان‌گذار حوزه علمیه قم علمایی در این حوزه تربیت شده و حضور داشتند.
استقرار در‌حوزه علمیه قم، نهایت آرزوی او بود. از آغاز ورود، مشغول تحصیل نزد علمای موجود شد. وی از حوزه درسی فقه واصول شیخ عبدالنبی نمازی، فیض، سید محمد حجت کوه کمری بهره برده در زمره طلاّب ممتاز درس آنان محسوب می‌شد.
او همچنین از شاگردان برجسته آیت‌الله خمینی و مورد علاقه و توجه وی بود، در حوزهٔ درس علوم عقلی وی حضوری مداوم داشت و تا آخرین سال‌هایی که امام خمینی فلسفه تدریس می‌کرد جزء شرکت کنندگان در درس‌های او بود. زمانی که امام خمینی تدریس خارج را شروع کرد، آیت‌الله ملکوتی مشتاقانه از درس آیت‌الله خمینی استفاده کرد و دیگران را نیز به این کار ترغیب می‌نمود.
در زمان اقامت وی در قم، آیت‌الله بروجردی که تا آن زمان بعد از مراجعت از نجف اشرف در شهر بروجرد اقامت می‌کرد در پاسخ به دعوت جمعی از بزرگان قم از جمله خمینی به قم آمد و آیت‌الله ملکوتی تا زمان مهاجرت به نجف در دروس او شرکت می‌کرد.
آیت‌الله ملکوتی در کلاس علم فلسفه از آیت‌الله میرزا مهدی مازندرانی، آیت‌الله شیخ ابوالقاسم اصفهانی، آیت‌الله میرزا مهدی آشتیانی و آیت‌الله علامه طباطبائی و آیت‌الله خمینی درس می‌کرد و قسمت الهیات شرح منظومه را به طور خصوصی نزد علامه طباطبائی خواند.
آیت‌الله ملکوتی در یک دوره یک ساله به همراه دوستانش، همچون احمدی میانجی، موسوی اردبیلی، و حقی سرابی به مشهد مقدّس رفت و در مدرسه خیرات خان سکونت گزید. در این حوزه در درس فقه و معارف دینی استادانی چون سیدیونس اردبیلی و میرزا مهدی غروی اصفهانی شرکت جست و نزد آیت‌الله شیخ محمدرضا کرباسی، ریاضیات و هیئت را آموخت. بخشی از شرح اشارات را نیز نزد آیت‌الله شیخ سیف‌الله ایسی میانجی فراگرفت و آنگاه دوباره به قم بازگشت.
آیت‌الله ملکوتی در کنار تحصیلات مداوم خود همیشه به عنوان مدرس و محقق مشغول تربیت طلبه‌ها در علوم مختلف بود و قبل از رفتن به نجف در حوزة علمیة قم از اساتید فلسفه، کلام، فقه واصول به شمار می‌آمد. مجالس درس وی از مجالس پرجمعیت و حوزه تدریسش از حوزه‌های گرم و پربار حوزه علمیه قم بود.
سفر به نجف
آیت‌الله ملکوتی، پس از سیزده سال اقامت و تحصیل مداوم و استفاده عمیق از استادان بزرگ فقه، اصول و فلسفه در قم و مشهد، در سال 1334 ه.ش برای تکمیل اندوخته‌های علمی و کسب معارف بیشتر، از استادان حوزه علمیه نجف اشرف، عازم این شهر شد و پس از ورود در درس‌های خارج فقه و اصول آیت‌الله سید محسن حکیم، آیت‌الله سید عبدالهادی شیرازی، آیت‌الله سید محمود شاهرودی، آیت‌الله سید ابوالقاسم خویی و آیت‌الله شیخ حسین حلّی حاضر شد و به مدت دوازده سال از این استادان بهره برد و در این مدت یک دوره کامل درس اصول آیت‌الله خویی را به رشته تحریر درآورد و از شاگردان بارز وی بود. او با بیش از سه دهه تلاش و فداکاری در وادی تحصیل و تحقیق در علوم مختلف حوزوی و علوم غریبه، سرانجام به قله اجتهاد رسید و از استادان بزرگی همچون آیت‌الله حجت، آیت‌الله سید عبدالهادی شیرازی، آیت‌الله حکیم و آیت‌الله خویی، اجازه اجتهاد دریافت کرد و با شخصیت‌هایی مانند: آقابزرگ تهرانی، و علامه امینی ارتباط علمی و دوستی پیدا کرد و از محضر این دو بزرگوار نیز موفق به کسب اجازه روایت شد.
تدریس
آیت‌الله ملکوتی از همان دوران ابتدایی تحصیل در سراب و تبریز، به تدریس اهتمام داشت. او در کنار تحصیل، آموخته‌های خود را به طلاّب و روحانیون دیگر تعلیم می‌داد و در طول تدریس در حوزه‌های علمیه سراب، تبریز، قم، مشهد و نجف، طلاّب و روحانیون بسیاری را تعلیم و تربیت نمود و هم اکنون اغلب شخصیت‌های برجسته حوزوی و بیشتر روحانیونی که در مسئولیت‌های سیاسی و اجرایی فعالیت می‌کنند، از شاگردان او به شمار می‌آیند.
آیت‌الله ملکوتی در اوایل دهه سی، در حوزه علمیه قم، از استادان برجسته سطوح عالی به شمار می‌آمد و از این جهت، مورد توجه مراجع و طلاّب و روحانیون این حوزه بود. او علاوه بر کتاب‌های رسائل، مکاسب و کفایه، کتاب شفای بوعلی را در قم برای طلاب تدریس می‌کرد به طوریکه آوازه علمی‌اش به حوزه نجف رسیده بود. از این رو، چون وارد این حوزه کهن شیعی شد با اینکه قصد داشت تنها به استفاده علمی از محضر بزرگان این حوزه بسنده کند و تدریس را موقتاً کنار بگذارد، با استقبال و درخواست طلاب و روحانیون نجف مواجه شد و او را به تدریس و تعلیم علمی واداشتند از این رو، وی در حوزه نجف، در مقبره میرزای شیرازی به تدریس رسائل، مکاسب، کفایه، شرح اشارات، شرح منظومه، اسفار، ریاضیات و علم هیئت همّت گماشت.
آیت‌الله ملکوتی علاوه بر فقه و اصول، در فلسفه نیز صاحب نظر می‌باشد و بر کتاب‌های اسفار، منظومه سبزواری و شفای بوعلی حاشیه نگاشته‌است. نام «میرزا مسلم سرابی»، حوزه نجف را تحت شعاع قرار داده بود. تدریس فلسفه و در حوزه نجف شهره آفاق شد و این در حالی بود که در اثر مخالفت برخی محافل، تدریس فلسفه در این حوزه ممنوع بود و کرسی درس فلسفه شخصیت‌های بزرگی همچون، شیخ صدرای بادکوبه‌ای و میرزا باقر زنجانی منتهی به تعطیلی و انزوا شده بود.جسارت علمی، اهتمام ذاتی و اعتقاد قلبی آیت‌الله ملکوتی به راه و مبانی خویش از یک سو و حمایت و عنایت برخی مراجع تقلید از شخصیت علمی او از سوی دیگر، آیت‌الله ملکوتی را در ادامه مسیر مقاوم و استوار ساخت و موفق شد تا آخرین روز اقامت خود در آن حوزه، علاوه بر فقه، اصول و... همچنان به تدریس فلسفه ادامه دهد، به گونه‌ای که درس فلسفه او در نجف منحصر به فرد شده بود.
مراجعت به شهر قم و تدریس
آیت‌الله ملکوتی در سال 1347 ه.ش برای دیدار با بستگان و دوستان، با هدف بازگشت به نجف به ایران آمد. کمی پس از ورود به ایران روابط دولت‌های ایران و عراق تیره شد و دولت عراق، اقدام به اخراج ایرانیان کرده و دیگر امکان بازگشت او به نجف نبود در حالیکه کتابخانه و نوشته‌های علمی‌اش در نجف مانده بود، برای همین تصمیم گرفت در شهر قم اقامت کند، سرانجام پس از یک سال با پی گیرهای بسیار شاگردان پاکستانی‌اش توانست کتابخانه را به قم انتقال دهد که در این نقل و انتقال، بعضی از کتاب‌های خطی و نفیس و یادداشت‌ها و تقریرات او خسارت اساسی دید، آیت‌الله ملکوتی پس از استقرار در حوزه علمیه قم، بنا به درخواست استادان و عالمان بزرگ این حوزه، به تدریس خارج فقه و اصول اقدام کرد. درس خارج فقه و اصول او تا انقلاب ایران (1357) به مدت یک دهه، همچنان به طور مستمر و پرنشاط ادامه پیدا کرد.
او از استادان برجسته درس خارج در این حوزه مطرح و مورد توجه و احترام همگان گشت. آیت‌الله ملکوتی علاوه بر فقه، اصول، در فلسفه، حدیث، رجال، درایه که از علوم رایج در حوزه‌های علمیه به شمار می‌آید و نیز در رشته‌هایی همچون ریاضیات، هیئت، تاریخ اسلام و تاریخ گذشته و معاصر ایران نیز کار کرده در هر کدام از این رشته‌ها صاحب نظر است.
شیوه تدریس و تحقیق
روش علمی و شیوه تحقیقی آیت‌الله ملکوتی در تحقیق و تدریس، در مرحله نخست، بررسی آرا و نظرات استادان خود و نیز نقد و بررسی مبانی و اقوال استادانِ استادانش مانند میرزای نایینی، شیخ محمدحسین کمپانی، آقا ضیاء عراقی و آخوند خراسانی است.
فعالیت‌های اجتماعی و سیاسی
با اینکه آیت‌الله ملکوتی از دهه سی به نجف اشرف هجرت کرد و در سال‌های آغازین و سرنوشت ساز انقلاب ایران (1357) در حوزه علمیه قم حضور نداشت، چون از شاگردان خاص آیت‌الله خمینی به شمار می‌آمد، ناگزیر مسائل انقلاب را در نجف دنبال می‌کرد. هنگامی که امام خمینی در سال 1344 ه.ش به نجف تبعید شد، وی جزو اوّلین کسانی بود که در منطقه خان یونس، مکانی در میان کربلا و نجف، به استقبال آیت‌الله خمینی رفت و وقتی اکثر علمای مقیم نجف جهت دیدار او به صف ایستاده بودند، چون آیت‌الله خمینی با وی مواجه شد، خیلی با محبت و چهره‌ای گشاده از شاگردش احوال پرسی کرد و بعد برای بازدید، به منزلش آمد. از آن پس، دوباره ارتباط استادی و شاگردی همچنان در میان آن دو استمرار یافت تا اینکه آیت‌الله ملکوتی در سال 1347 ه.ش به ایران آمد.
آیت‌الله ملکوتی در فعالیت‌های تبلیغی و اجتماعی خود، از مبانی فکری و انقلابی آیت‌الله خمینی الهام می‌گرفت و وقتی برای تبلیغ به شهر سراب و روستاهای اطراف آن می‌رفت، در آبان ماه سال 1356 ه.ش که حرکت انقلاب با قتل مصطفی خمینی، روند تکاملی خود را آغاز کرد، آیت‌الله ملکوتی به عنوان عضو برجسته جامعه مدرسین حوزه علمیه قم در عرصه‌های مختلف و سرنوشت ساز انقلاب حضوری پررنگ داشت و در اکثر اعلامیه‌هایی که جامعه مدرسین صادر می‌کرد آیت‌الله ملکوتی اوّلین یا دومین امضا کننده بود. در بیانیه معروف و موصوف به خلع شاه از سلطنت امضای آیت‌الله ملکوتی اوّلین امضای در این بیانه‌است. موضوعات بعضی از این بیانیه‌ها که در دوران محمدرضا پهلوی از سوی جامعه مدرسین صادر شد و امضای آیت‌الله ملکوتی هم در آنها به چشم می‌خورد، عبارت‌اند از:
1. قیام 29 بهمن مردم تبریز
2. فجایع شهر یزد
3. درباره اوضاع سیاسی ایران.
4. اعتراض به حمله مزدوران شاه به منازل مراجع.
5. درباره حادثه 19 اردیبهشت قم.
6. به مناسبت تحریم جشن نیمه شعبان به عنوان اعتراض.
7. محکومیت جنایت میدان ژاله(17 شهریور) تهران
8. اعتراض به تشکیل دولت نظامی ازهاری
9. پیام به کارکنان شرکت نفت
10. پشتیبانی از اعتصاب کارکنان شرکت نفت.
11. درباره راهپیمایی تاسوعا و عاشورا.
12. خلع شاه از سلطنت
13. به مناسبت سالگرد قیام خونین قم
14. حمایت از استادان دانشگاه‌ها.
15. تلگرام به رئیس جمهور فرانسه، برای ورود امام به پاریس
16. اعتراض به جنایات عمال شاه.
17. اعتراض به روی کار آمدن شاهپور بختیار
پس از پیروزی انقلاب اسلامی ایران (1357)، آیت‌الله ملکوتی با حکم کتبی آیت‌الله خمینی برای حل اختلافات شهرستان زنجان مأموریت یافت و اختلافات عمیق و حساس را که بین عالمان و برخی گروه‌های دیگر آن جا وجود داشت، حل کرد. یک بار نیز به همین منظور به استان آذربایجان شرقی و تبریز اعزام شد و این مأموریت را انجام داد.
امامت جمعه در تبریز
هنگامی که آیت‌الله خمینی او را به عنوان نماینده ولی فقیه در آذربایجان و امام جمعه شهر تبریز برگزید، او تمام سوابق تدریس در حوزه، شاگردان و سایر تعلقات ظاهری دیگر را کنار گذاشته، در خدمت آیت‌الله امام روح‌الله خمینی، قرار گرفت. قبلا دو روحانی در این سِمت در تبریز به شهید شده بودند و اوضاع آذربایجان و تبریز، به خاطر فعالیت‌های وابستگان به حزب جمهوری خلق مسلمان، آشفته بود و کنترل آن بس دشوار و حتی غیرممکن به نظر می‌آمد و قبول این مسئولیت، به نوعی استقبال از مرگ بود.
خط مشی‌ها
هم‌زمان با ورود آیت‌الله ملکوتی به تبریز، حزب جمهوری خلق مسلمان منحل و وابستگان آن از صحنه سیاسی خارج شده و به کشورهای همسایه گریخته بودند و این مشکل در ظاهر برطرف شده بود، ولی پیامدهای آن در سطح آذربایجان و به ویژه در تبریز، همچنان باقی بود. عده زیادی از روحانیون که معمولاً مقلد و طرفدار آیت‌الله شریعتمداری بودند، به عضویت حزب جمهوری خلق مسلمان درآمده و از سوی حکومت به انزوا کشیده شده بودند و بعضی از آنها به اتهاماتی دستگیر و محاکمه شده، در زندان به سر می‌بردند. علاوه بر این، در همین ایام، موضع گیری‌هایی که از سوی برخی بر ضد آیت‌الله خویی انجام گرفته بود، تعداد دیگری از روحانیون را نسبت به انقلاب دلسرد کرد و آنان را به انزوا کشانده بود. بدین ترتیب، اکثر مساجد در تبریز و حومه به علت نبودن امام جماعت، به تعطیلی گراییده و این موضوع، در میان توده مردم نیز تأثیر بدی گذاشته بود.
خدمات عمرانی
آیت‌الله ملکوتی در مدت حضور و رفت و آمدهای تبلیغی ـ مذهبی در شهرهای سراب و تبریز، با جذب افراد خیرخواه و نیکوکار، اقدام به تأسیس و تجدید بنای مراکز علمی، فرهنگی و مذهبی، مانند مسجد، مدرسه علمیه، صندوق قرض الحسنه، کتابخانه و مصلا کرده است.
آثار و تألیفات
1- المحاکمات این کتاب نقد و بررسی آرا و نظرات میرزای نایینی، آقاضیاء عراقی و کمپانی در اصول و مقایسه آنها با یکدیگر که در سال 1371 ق. در نجف به چاپ رسیده‌است.
2- الربافی التشریع الاسلامی این کتاب، 3 جلد است که جلد اوّل، شامل سیر تاریخی ربا، نظرات ادیان و مکتب‌های اقتصادی درباره ربا و طرح و ردّ اشکالات وارده بر حرمت رباست که در سال 1392 ه.ق به چاپ رسیده‌است. جلد دوم و سوم آن درباره ربای قرضی و ربای معامله‌ای است که هنوز چاپ نشده‌است.
3- ماالفرق بین الدّین و العلم و الفلسفه این کتاب، دارای بحث‌های علمی ـ تحقیقی در ردّ مکتب مارکسیسم و فلسفه کمونیستی است که در روزهای گسترش آن در عراق، آیت‌الله ملکوتی آن را به نگارش درآورده و برای آگاهی طلاّب و دانشجویان عراقی در نجف، آن را تدریس کرده‌است این کتاب نیز هنوز چاپ نشده‌است.
4- الامن العام فی الاسلام آیت‌الله ملکوتی در این کتاب به بحث مبسوط و مفصلی درباره ضرورت امر به معروف و نهی از منکر و شرایط آن از دیدگاه قرآن، سنت و عقل پرداخته است. این اثر در سال 1403 ه.ق در تبریر به چاپ رسیده‌است.
5- المنافقون فی القرآن والسنة والتاریخ(خطی)
6-تفسیر سوره فاتحه(خطی).
7- مقتل الامام الحسین(علیه السلام)(خطی).
8- شرح مبسوط بر کفایه الاصول(خطی).
9- تقریرات درس مرحوم آیت‌الله حجت(خطی).
10- حاشیه بر عروة الوثقی که به چاپ رسیده‌است.
11- حاشیه بر اسفار ملاّصدرای شیرازی(خطی).
12- حاشیه بر شفای بوعلی(خطی).
13- مناسک حج که چند بار چاپ شده‌است.
14-توضیح المسائل که چندین بار به چاپ رسید.
15- مسجد، مسجد شد
16ـ یک دوره اصول
17ـ وقف نامه
18ـ کتاب الطهارت
19ـ کتاب الصلاه
یکی از آثار این فقیه، کتاب «مسجد، مسجد شد» است. انگیزه نگارش او از این اثر، احیا و تجدید بنای مصلای بزرگ تبریز بود. این کتاب، در سال 1364 ه.ش در دو جلد در تبریز به چاپ رسید. یک بخش آن از تحقیق تاریخ موقوفات در آذربایجان حکایت دارد و بخش‌های دیگر آن، درباره رویدادهای مهم تاریخی در آذربایجان و ایران است.
کتابخانه شخصی
بیش از پنجاه هزار جلد کتاب، با موضوعات گوناگون به زبان‌های فارسی، عربی، ترکی، انگلیسی، فرانسوی، آلمانی، لاتین و... در کتابخانه آیت‌الله ملکوتی وجود دارد از این تعداد یک هزار جلد آن نسخه‌های خطی است که در میان آنها نسخه‌های نفیس و گرانبها نیز دیده می‌شود.
مرجعیت
ملکوتی در پی درخواست آیات عظام محمدفاضل لنکرانی و علی مشکینی از آیت‌الله خامنه‌ای پس از کسب نظر موافق وی در خرداد ماه س
حجت الاسلام محمدی گلپایگانی رییس دفتر مقام معظم رهبری، علی لاریجانی رییس مجلس و آیت‌الله مجتهد شبستری نماینده ولی فقیه در استان از وی در بیمارستان عیادت کردند.
مسلم ملکوتی در هفتم شهریور سال 1302 هجری شمسی مطابق با 17 محرم 1342 هجری قمری در خانواده‌ای مذهبی به دنیا آمد. پدرش مشهدی یوسف، کشاورزی متدین بود و با علمای منطقه ارتباط مستمر داشت. وی که به آموزش علم و خواندن و نوشتن علاقه‌مند بود به مکتب خانه می‌رفت و فرزندش مسلم را نیز با خود به آن‌جا می‌برد.
تحصیلات
از پنج سالگی نزد پدرش به آموختن روخوانی و حفظ قرآن پرداخت، در شش سالگی حافظ سوره‌های قرآن (از اوّل تا سوره قاف) بود، سپس نزد یکی از علمای منطقه که از منسوبانش بود به تکمیل آموخته‌های خود پرداخت و در مدتی اندک خواندن، نوشتن و قرآن مجید را فراگرفت. سپس برای ادامه تحصیل به شهر سراب در چهار کیلومتری زادگاهش رفته و در آن شهر کتاب‌های متداول ادبی از قبیل مقدمات، سیوطی، شرح جامی، مغنی، مطول و مقداری از منطق و اصول فقه مانند کتاب‌های حاشیه و معالم را نزد علمای آن زمان همچون میرزا رضاقلی، میرزا یعقوب، میرزا غلامعلی اصغری و میرزا حسین محدثی فرا گرفت.
در هفده سالگی برای ادامه تحصیل به تبریز مهاجرت کرد و در مدرسه طالبیه مشغول تحصیل شد. در تبریز به مدت چهار سال از علمای آن عصر، کتاب‌های شرح لمعه، رسائل، مکاسب و کفایه را فراگرفت. اساتید او در این زمان سید مهدی انگجی، میرزا فتاح شهیدی (نماینده آیت‌الله سید ابوالحسن اصفهانی)، حاج میرزا محمود دوزدوزانی و سید محمد بادکوبه‌ای و جمعی دیگر بودند. در طول اقامت و تحصیل مستمر در حوزه علمیه تبریز، کتاب‌هایی را که پیش‌تر خوانده بود به طلاب تدریس می‌کرد.
مهاجرت به قم
در سال 1321 پس از به پایان رساندن دوره سطح در حوزه علمیه تبریز، برای ادامه تحصیل و بهره گیری از علماء حوزه علمیه قم، به شهر [قم] مهاجرت کرد. در آن زمان به دلیل تلاش‌های شیخ عبدالکریم حائری بنیان‌گذار حوزه علمیه قم علمایی در این حوزه تربیت شده و حضور داشتند.
استقرار در‌حوزه علمیه قم، نهایت آرزوی او بود. از آغاز ورود، مشغول تحصیل نزد علمای موجود شد. وی از حوزه درسی فقه واصول شیخ عبدالنبی نمازی، فیض، سید محمد حجت کوه کمری بهره برده در زمره طلاّب ممتاز درس آنان محسوب می‌شد.
او همچنین از شاگردان برجسته آیت‌الله خمینی و مورد علاقه و توجه وی بود، در حوزهٔ درس علوم عقلی وی حضوری مداوم داشت و تا آخرین سال‌هایی که امام خمینی فلسفه تدریس می‌کرد جزء شرکت کنندگان در درس‌های او بود. زمانی که امام خمینی تدریس خارج را شروع کرد، آیت‌الله ملکوتی مشتاقانه از درس آیت‌الله خمینی استفاده کرد و دیگران را نیز به این کار ترغیب می‌نمود.
در زمان اقامت وی در قم، آیت‌الله بروجردی که تا آن زمان بعد از مراجعت از نجف اشرف در شهر بروجرد اقامت می‌کرد در پاسخ به دعوت جمعی از بزرگان قم از جمله خمینی به قم آمد و آیت‌الله ملکوتی تا زمان مهاجرت به نجف در دروس او شرکت می‌کرد.
آیت‌الله ملکوتی در کلاس علم فلسفه از آیت‌الله میرزا مهدی مازندرانی، آیت‌الله شیخ ابوالقاسم اصفهانی، آیت‌الله میرزا مهدی آشتیانی و آیت‌الله علامه طباطبائی و آیت‌الله خمینی درس می‌کرد و قسمت الهیات شرح منظومه را به طور خصوصی نزد علامه طباطبائی خواند.
آیت‌الله ملکوتی در یک دوره یک ساله به همراه دوستانش، همچون احمدی میانجی، موسوی اردبیلی، و حقی سرابی به مشهد مقدّس رفت و در مدرسه خیرات خان سکونت گزید. در این حوزه در درس فقه و معارف دینی استادانی چون سیدیونس اردبیلی و میرزا مهدی غروی اصفهانی شرکت جست و نزد آیت‌الله شیخ محمدرضا کرباسی، ریاضیات و هیئت را آموخت. بخشی از شرح اشارات را نیز نزد آیت‌الله شیخ سیف‌الله ایسی میانجی فراگرفت و آنگاه دوباره به قم بازگشت.
آیت‌الله ملکوتی در کنار تحصیلات مداوم خود همیشه به عنوان مدرس و محقق مشغول تربیت طلبه‌ها در علوم مختلف بود و قبل از رفتن به نجف در حوزة علمیة قم از اساتید فلسفه، کلام، فقه واصول به شمار می‌آمد. مجالس درس وی از مجالس پرجمعیت و حوزه تدریسش از حوزه‌های گرم و پربار حوزه علمیه قم بود.
سفر به نجف
آیت‌الله ملکوتی، پس از سیزده سال اقامت و تحصیل مداوم و استفاده عمیق از استادان بزرگ فقه، اصول و فلسفه در قم و مشهد، در سال 1334 ه.ش برای تکمیل اندوخته‌های علمی و کسب معارف بیشتر، از استادان حوزه علمیه نجف اشرف، عازم این شهر شد و پس از ورود در درس‌های خارج فقه و اصول آیت‌الله سید محسن حکیم، آیت‌الله سید عبدالهادی شیرازی، آیت‌الله سید محمود شاهرودی، آیت‌الله سید ابوالقاسم خویی و آیت‌الله شیخ حسین حلّی حاضر شد و به مدت دوازده سال از این استادان بهره برد و در این مدت یک دوره کامل درس اصول آیت‌الله خویی را به رشته تحریر درآورد و از شاگردان بارز وی بود. او با بیش از سه دهه تلاش و فداکاری در وادی تحصیل و تحقیق در علوم مختلف حوزوی و علوم غریبه، سرانجام به قله اجتهاد رسید و از استادان بزرگی همچون آیت‌الله حجت، آیت‌الله سید عبدالهادی شیرازی، آیت‌الله حکیم و آیت‌الله خویی، اجازه اجتهاد دریافت کرد و با شخصیت‌هایی مانند: آقابزرگ تهرانی، و علامه امینی ارتباط علمی و دوستی پیدا کرد و از محضر این دو بزرگوار نیز موفق به کسب اجازه روایت شد.
تدریس
آیت‌الله ملکوتی از همان دوران ابتدایی تحصیل در سراب و تبریز، به تدریس اهتمام داشت. او در کنار تحصیل، آموخته‌های خود را به طلاّب و روحانیون دیگر تعلیم می‌داد و در طول تدریس در حوزه‌های علمیه سراب، تبریز، قم، مشهد و نجف، طلاّب و روحانیون بسیاری را تعلیم و تربیت نمود و هم اکنون اغلب شخصیت‌های برجسته حوزوی و بیشتر روحانیونی که در مسئولیت‌های سیاسی و اجرایی فعالیت می‌کنند، از شاگردان او به شمار می‌آیند.
آیت‌الله ملکوتی در اوایل دهه سی، در حوزه علمیه قم، از استادان برجسته سطوح عالی به شمار می‌آمد و از این جهت، مورد توجه مراجع و طلاّب و روحانیون این حوزه بود. او علاوه بر کتاب‌های رسائل، مکاسب و کفایه، کتاب شفای بوعلی را در قم برای طلاب تدریس می‌کرد به طوریکه آوازه علمی‌اش به حوزه نجف رسیده بود. از این رو، چون وارد این حوزه کهن شیعی شد با اینکه قصد داشت تنها به استفاده علمی از محضر بزرگان این حوزه بسنده کند و تدریس را موقتاً کنار بگذارد، با استقبال و درخواست طلاب و روحانیون نجف مواجه شد و او را به تدریس و تعلیم علمی واداشتند از این رو، وی در حوزه نجف، در مقبره میرزای شیرازی به تدریس رسائل، مکاسب، کفایه، شرح اشارات، شرح منظومه، اسفار، ریاضیات و علم هیئت همّت گماشت.
آیت‌الله ملکوتی علاوه بر فقه و اصول، در فلسفه نیز صاحب نظر می‌باشد و بر کتاب‌های اسفار، منظومه سبزواری و شفای بوعلی حاشیه نگاشته‌است. نام «میرزا مسلم سرابی»، حوزه نجف را تحت شعاع قرار داده بود. تدریس فلسفه و در حوزه نجف شهره آفاق شد و این در حالی بود که در اثر مخالفت برخی محافل، تدریس فلسفه در این حوزه ممنوع بود و کرسی درس فلسفه شخصیت‌های بزرگی همچون، شیخ صدرای بادکوبه‌ای و میرزا باقر زنجانی منتهی به تعطیلی و انزوا شده بود.جسارت علمی، اهتمام ذاتی و اعتقاد قلبی آیت‌الله ملکوتی به راه و مبانی خویش از یک سو و حمایت و عنایت برخی مراجع تقلید از شخصیت علمی او از سوی دیگر، آیت‌الله ملکوتی را در ادامه مسیر مقاوم و استوار ساخت و موفق شد تا آخرین روز اقامت خود در آن حوزه، علاوه بر فقه، اصول و... همچنان به تدریس فلسفه ادامه دهد، به گونه‌ای که درس فلسفه او در نجف منحصر به فرد شده بود.
مراجعت به شهر قم و تدریس
آیت‌الله ملکوتی در سال 1347 ه.ش برای دیدار با بستگان و دوستان، با هدف بازگشت به نجف به ایران آمد. کمی پس از ورود به ایران روابط دولت‌های ایران و عراق تیره شد و دولت عراق، اقدام به اخراج ایرانیان کرده و دیگر امکان بازگشت او به نجف نبود در حالیکه کتابخانه و نوشته‌های علمی‌اش در نجف مانده بود، برای همین تصمیم گرفت در شهر قم اقامت کند، سرانجام پس از یک سال با پی گیرهای بسیار شاگردان پاکستانی‌اش توانست کتابخانه را به قم انتقال دهد که در این نقل و انتقال، بعضی از کتاب‌های خطی و نفیس و یادداشت‌ها و تقریرات او خسارت اساسی دید، آیت‌الله ملکوتی پس از استقرار در حوزه علمیه قم، بنا به درخواست استادان و عالمان بزرگ این حوزه، به تدریس خارج فقه و اصول اقدام کرد. درس خارج فقه و اصول او تا انقلاب ایران (1357) به مدت یک دهه، همچنان به طور مستمر و پرنشاط ادامه پیدا کرد.
او از استادان برجسته درس خارج در این حوزه مطرح و مورد توجه و احترام همگان گشت. آیت‌الله ملکوتی علاوه بر فقه، اصول، در فلسفه، حدیث، رجال، درایه که از علوم رایج در حوزه‌های علمیه به شمار می‌آید و نیز در رشته‌هایی همچون ریاضیات، هیئت، تاریخ اسلام و تاریخ گذشته و معاصر ایران نیز کار کرده در هر کدام از این رشته‌ها صاحب نظر است.
شیوه تدریس و تحقیق
روش علمی و شیوه تحقیقی آیت‌الله ملکوتی در تحقیق و تدریس، در مرحله نخست، بررسی آرا و نظرات استادان خود و نیز نقد و بررسی مبانی و اقوال استادانِ استادانش مانند میرزای نایینی، شیخ محمدحسین کمپانی، آقا ضیاء عراقی و آخوند خراسانی است.
فعالیت‌های اجتماعی و سیاسی
با اینکه آیت‌الله ملکوتی از دهه سی به نجف اشرف هجرت کرد و در سال‌های آغازین و سرنوشت ساز انقلاب ایران (1357) در حوزه علمیه قم حضور نداشت، چون از شاگردان خاص آیت‌الله خمینی به شمار می‌آمد، ناگزیر مسائل انقلاب را در نجف دنبال می‌کرد. هنگامی که امام خمینی در سال 1344 ه.ش به نجف تبعید شد، وی جزو اوّلین کسانی بود که در منطقه خان یونس، مکانی در میان کربلا و نجف، به استقبال آیت‌الله خمینی رفت و وقتی اکثر علمای مقیم نجف جهت دیدار او به صف ایستاده بودند، چون آیت‌الله خمینی با وی مواجه شد، خیلی با محبت و چهره‌ای گشاده از شاگردش احوال پرسی کرد و بعد برای بازدید، به منزلش آمد. از آن پس، دوباره ارتباط استادی و شاگردی همچنان در میان آن دو استمرار یافت تا اینکه آیت‌الله ملکوتی در سال 1347 ه.ش به ایران آمد.
آیت‌الله ملکوتی در فعالیت‌های تبلیغی و اجتماعی خود، از مبانی فکری و انقلابی آیت‌الله خمینی الهام می‌گرفت و وقتی برای تبلیغ به شهر سراب و روستاهای اطراف آن می‌رفت، در آبان ماه سال 1356 ه.ش که حرکت انقلاب با قتل مصطفی خمینی، روند تکاملی خود را آغاز کرد، آیت‌الله ملکوتی به عنوان عضو برجسته جامعه مدرسین حوزه علمیه قم در عرصه‌های مختلف و سرنوشت ساز انقلاب حضوری پررنگ داشت و در اکثر اعلامیه‌هایی که جامعه مدرسین صادر می‌کرد آیت‌الله ملکوتی اوّلین یا دومین امضا کننده بود. در بیانیه معروف و موصوف به خلع شاه از سلطنت امضای آیت‌الله ملکوتی اوّلین امضای در این بیانه‌است. موضوعات بعضی از این بیانیه‌ها که در دوران محمدرضا پهلوی از سوی جامعه مدرسین صادر شد و امضای آیت‌الله ملکوتی هم در آنها به چشم می‌خورد، عبارت‌اند از:
1. قیام 29 بهمن مردم تبریز
2. فجایع شهر یزد
3. درباره اوضاع سیاسی ایران.
4. اعتراض به حمله مزدوران شاه به منازل مراجع.
5. درباره حادثه 19 اردیبهشت قم.
6. به مناسبت تحریم جشن نیمه شعبان به عنوان اعتراض.
7. محکومیت جنایت میدان ژاله(17 شهریور) تهران
8. اعتراض به تشکیل دولت نظامی ازهاری
9. پیام به کارکنان شرکت نفت
10. پشتیبانی از اعتصاب کارکنان شرکت نفت.
11. درباره راهپیمایی تاسوعا و عاشورا.
12. خلع شاه از سلطنت
13. به مناسبت سالگرد قیام خونین قم
14. حمایت از استادان دانشگاه‌ها.
15. تلگرام به رئیس جمهور فرانسه، برای ورود امام به پاریس
16. اعتراض به جنایات عمال شاه.
17. اعتراض به روی کار آمدن شاهپور بختیار
پس از پیروزی انقلاب اسلامی ایران (1357)، آیت‌الله ملکوتی با حکم کتبی آیت‌الله خمینی برای حل اختلافات شهرستان زنجان مأموریت یافت و اختلافات عمیق و حساس را که بین عالمان و برخی گروه‌های دیگر آن جا وجود داشت، حل کرد. یک بار نیز به همین منظور به استان آذربایجان شرقی و تبریز اعزام شد و این مأموریت را انجام داد.
امامت جمعه در تبریز
هنگامی که آیت‌الله خمینی او را به عنوان نماینده ولی فقیه در آذربایجان و امام جمعه شهر تبریز برگزید، او تمام سوابق تدریس در حوزه، شاگردان و سایر تعلقات ظاهری دیگر را کنار گذاشته، در خدمت آیت‌الله امام روح‌الله خمینی، قرار گرفت. قبلا دو روحانی در این سِمت در تبریز به شهید شده بودند و اوضاع آذربایجان و تبریز، به خاطر فعالیت‌های وابستگان به حزب جمهوری خلق مسلمان، آشفته بود و کنترل آن بس دشوار و حتی غیرممکن به نظر می‌آمد و قبول این مسئولیت، به نوعی استقبال از مرگ بود.
خط مشی‌ها
هم‌زمان با ورود آیت‌الله ملکوتی به تبریز، حزب جمهوری خلق مسلمان منحل و وابستگان آن از صحنه سیاسی خارج شده و به کشورهای همسایه گریخته بودند و این مشکل در ظاهر برطرف شده بود، ولی پیامدهای آن در سطح آذربایجان و به ویژه در تبریز، همچنان باقی بود. عده زیادی از روحانیون که معمولاً مقلد و طرفدار آیت‌الله شریعتمداری بودند، به عضویت حزب جمهوری خلق مسلمان درآمده و از سوی حکومت به انزوا کشیده شده بودند و بعضی از آنها به اتهاماتی دستگیر و محاکمه شده، در زندان به سر می‌بردند. علاوه بر این، در همین ایام، موضع گیری‌هایی که از سوی برخی بر ضد آیت‌الله خویی انجام گرفته بود، تعداد دیگری از روحانیون را نسبت به انقلاب دلسرد کرد و آنان را به انزوا کشانده بود. بدین ترتیب، اکثر مساجد در تبریز و حومه به علت نبودن امام جماعت، به تعطیلی گراییده و این موضوع، در میان توده مردم نیز تأثیر بدی گذاشته بود.
خدمات عمرانی
آیت‌الله ملکوتی در مدت حضور و رفت و آمدهای تبلیغی ـ مذهبی در شهرهای سراب و تبریز، با جذب افراد خیرخواه و نیکوکار، اقدام به تأسیس و تجدید بنای مراکز علمی، فرهنگی و مذهبی، مانند مسجد، مدرسه علمیه، صندوق قرض الحسنه، کتابخانه و مصلا کرده است.
آثار و تألیفات
1- المحاکمات این کتاب نقد و بررسی آرا و نظرات میرزای نایینی، آقاضیاء عراقی و کمپانی در اصول و مقایسه آنها با یکدیگر که در سال 1371 ق. در نجف به چاپ رسیده‌است.
2- الربافی التشریع الاسلامی این کتاب، 3 جلد است که جلد اوّل، شامل سیر تاریخی ربا، نظرات ادیان و مکتب‌های اقتصادی درباره ربا و طرح و ردّ اشکالات وارده بر حرمت رباست که در سال 1392 ه.ق به چاپ رسیده‌است. جلد دوم و سوم آن درباره ربای قرضی و ربای معامله‌ای است که هنوز چاپ نشده‌است.
3- ماالفرق بین الدّین و العلم و الفلسفه این کتاب، دارای بحث‌های علمی ـ تحقیقی در ردّ مکتب مارکسیسم و فلسفه کمونیستی است که در روزهای گسترش آن در عراق، آیت‌الله ملکوتی آن را به نگارش درآورده و برای آگاهی طلاّب و دانشجویان عراقی در نجف، آن را تدریس کرده‌است این کتاب نیز هنوز چاپ نشده‌است.
4- الامن العام فی الاسلام آیت‌الله ملکوتی در این کتاب به بحث مبسوط و مفصلی درباره ضرورت امر به معروف و نهی از منکر و شرایط آن از دیدگاه قرآن، سنت و عقل پرداخته است. این اثر در سال 1403 ه.ق در تبریر به چاپ رسیده‌است.
5- المنافقون فی القرآن والسنة والتاریخ(خطی)
6-تفسیر سوره فاتحه(خطی).
7- مقتل الامام الحسین(علیه السلام)(خطی).
8- شرح مبسوط بر کفایه الاصول(خطی).
9- تقریرات درس مرحوم آیت‌الله حجت(خطی).
10- حاشیه بر عروة الوثقی که به چاپ رسیده‌است.
11- حاشیه بر اسفار ملاّصدرای شیرازی(خطی).
12- حاشیه بر شفای بوعلی(خطی).
13- مناسک حج که چند بار چاپ شده‌است.
14-توضیح المسائل که چندین بار به چاپ رسید.
15- مسجد، مسجد شد
16ـ یک دوره اصول
17ـ وقف نامه
18ـ کتاب الطهارت
19ـ کتاب الصلاه
یکی از آثار این فقیه، کتاب «مسجد، مسجد شد» است. انگیزه نگارش او از این اثر، احیا و تجدید بنای مصلای بزرگ تبریز بود. این کتاب، در سال 1364 ه.ش در دو جلد در تبریز به چاپ رسید. یک بخش آن از تحقیق تاریخ موقوفات در آذربایجان حکایت دارد و بخش‌های دیگر آن، درباره رویدادهای مهم تاریخی در آذربایجان و ایران است.
کتابخانه شخصی
بیش از پنجاه هزار جلد کتاب، با موضوعات گوناگون به زبان‌های فارسی، عربی، ترکی، انگلیسی، فرانسوی، آلمانی، لاتین و... در کتابخانه آیت‌الله ملکوتی وجود دارد از این تعداد یک هزار جلد آن نسخه‌های خطی است که در میان آنها نسخه‌های نفیس و گرانبها نیز دیده می‌شود.
مرجعیت
ملکوتی در پی درخواست آیات عظام محمدفاضل لنکرانی و علی مشکینی از آیت‌الله خامنه‌ای پس از کسب نظر موافق وی در خرداد ماه س
