پس از اخذ دیپلم از دبیرستان حکیم نظامی به توصیه پدر تحصیلات حوزوی خود را شروع کرد. زمانی که پدر در تبعید بود وی نیز به نجف رفت و در حوزه علمیه این شهر به فراگیری دروس دینی پرداخت.او نزد آیات ابطحی، صادقی، فاضل لنکرانی و سلطانی طباطبایی، سید مصطفی خمینی و امام خمینی علوم حوزوی را فرا گرفت.
سیداحمد در سال 1347 به ایران آمد و منزل پدر در قم را برای اقامت برگزید. در این مقطع با توجه به نبود امام در ایران وی عملاً نقش رابط و منتقل کننده پیام از سوی امام به انقلابیون یا بالعکس را ایفا می‌کرد و به همین خاطر ساواک رفتار و اعمال او را تحت مراقبت شدید قرار می‌داد و به مناسبت‌هایی که این حلقه ارتباط انقلابیون و سیداحمد خمینی نزدیک‌تر می‌شد، ماموران امنیتی رژیم شاهنشاهی محدودیت‌هایی را برای او ایجاد می‌کردند.
زمانی که امام خمینی دوران تبعید را پشت سر می‌گذاشت، سیداحمد به عزم دیدار پدر، چند بار مخفیانه از ایران خارج شد و متعاقب آن هنگام مراجعت توسط نیروهای امنیتی دستگیر و مورد بازجویی قرار می‌گرفت و بعد از مدت کوتاهی از زندان رهایی پیدا می‌کرد.
محل اقامت سیداحمد خمینی در قم محفلی برای اجتماع انقلابیون و بسیاری از مبارزان از جمله شیخ فضل‌الله محلاتی، شهید سعیدی، محمدرضا مهدوی کنی، دکتر باهنر و... بود و به همین خاطر ساواک کلیه رفت و آمد‌ها به این مکان را تحت نظر داشت.
از دیگر اقدامات سیداحمد سرکشی به خانواده‌های زندانیان سیاسی و دیدار از تبعیدی‌های نهضت امام خمینی بود. نزدیکان وی تصریح می‌کنند که وی رسیدگی به خانواده‌های زندانیان را با دقت زیاد انجام می‌داد.
همچنین وی در تهیه و توزیع اعلامیه‌های امام خمینی که از نجف صادر می‌شد نقش فعال داشت. او در دوران تبعید رهبر انقلاب با پشتکار و جدیت تلاش کرد تا شهریه‌ای که از طرف ایشان به طلاب علوم دینی پرداخت می‌شد، قطع نشود که این امر در تثبیت مرجعیت و مبارزه امام در حوزه‌ها بسیار موثر بود.
سیداحمد خمینی با چریک‌های مسلمان نیز در ارتباط بود که البته این مراوده در نهایت مخفی‌کاری صورت می‌گرفت. اسناد سازمان اطلاعات و امنیت رژیم شاهنشاهی نشان می‌دهد که تلاش‌های بی‌وقفه سیداحمد در ایران و برقراری حلقه ارتباطی میان رهبری نهضت و انقلابیون، ساواک را بر آن داشت تا برای تخریب چهره وی اقدام به پخش شایعاتی مبنی بر ارتباط امام خمینی و پسرانش با مقامات دولتی رژیم شاهنشاهی کنند تا ذهنیت مبارزان نسبت به این خانواده مشوش شود.
در سال 1356 سیداحمد به همراه خانواده به عراق رفت و بعد از مدتی به سوریه و لبنان عزیمت کرد و در کنار شهید مصطفی چمران ضمن فراگیری آموزش نظامی در زمینه کمک به شیعیان این مناطق مساعدت‌های لازم را به عمل آورد. در این سال سیدمصطفی خمینی درگذشت و از آن پس وظیفه مهمی از سوی پدر به سیداحمد محول شد. منابع ساواک در این زمینه گزارش دادند که احمد گویا جانشین مصطفی خمینی شده است.
سیداحمد خمینی بعد از پیروزی انقلاب اسلامی در تمامی موارد در خصوص مسائل مهم مملکتی و حکومتی به عنوان نزدیک‌ترین مشاور طرف مشورت قرار می‌گرفت و علیرغم وجود موقعیت‌های فراوان، از قبول تصدی هر منصب اداری و دولتی خودداری کرد و حتی بعد از رحلت امام با وجود اینکه شرایط برای حضور موثر او در مناصب حکومتی فراهم بود از این گونه مسائل دوری کرد.
در
صبحگاه روز 21 اسفند 1373 خبر بستری شدن یادگار امام منتشر شد. در
گزارش‌های بعدی به اطلاع مردم رسید که سلامت قلب و تنفس سیداحمد خمینی به
مخاطره افتاده است. تلاش‌های پزشکان بی‌نتیجه ماند و او سرانجام در شامگاه
25 اسفند 1373 درگذشت.
