(از ۲۹ فروردین ۱۳۱۸/ ۲۸ صفر ۱۹/۱۳۵۸ آوریل ۱۹۳۹)، فرزند آیت الله سیدجواد، و دومین رهبر انقلاب اسلامی ایران.
وی در خانواده‌ای روحانی در مشهد زاده شد. جد اعلای او سیدمحمد حسینی تفرشی نسب به سادات افطسی می‌رساند.
شجره وی به سلطان‌العلماء احمد، معروف به سلطان سیداحمد می‌رسد که با ۵ واسطه از اخلاف امام سجاد (ع)، است.
جدش سیدحسین خامنه‌ای (ح ۱۲۵۹- ۲۰ ربیع‌الآخر ۱۳۲۵ ق) در خامنه به دنیا آمد و در نجف نزد استادان بزرگی چون سیدحسین کوه کمری، فاضل ایروانی، فاضل شربیانی، میرزا باقر شکی و میرزا محمدحسن شیرازی دانش آموخت و پس از طی مدارج علوم دینی در حوزه علمیه نجت، در زمره فقها و مدرسان آن حوزه قرار گرفت.
او در ۱۳۱۶ ق به تبریز آمد (آقابزرگ، ۶۴۰/۲) و مدرس مدرسه طالبیه و امام جماعت مسجد جامع آن شهر شد (گلشن...، ۹۷۱/۲).
سیدحسین دارای افکار بلند سیاسی و اجتماعی، و از علمای طرفدار مشروطه بود و همواره مردم را به حمایت و پاسداری از نهضت مشروطه تشویق می‌کرد (آرشیو مرکز اسناد...، شم ۱۲۲۵).
برخی از آثار علمی وی از جمله حاشیه بر کتاب‌های ریاض‌المسائل، قوانین‌الاصول، مکاسب شیخ انصاری، فوائدالاصول و شرح لمعه وقف کتابخانه حسینیه شوشتری نجف شد (آقابزرگ، همانجا).
شیخ محمد خیابانی، روحانی مبارز و مجاهد عصر مشروطه، شاگرد و داماد وی بود (کسروی، ۹۲).
سیدمحمد خامنه‌ای (۱۲۹۳ ق، نجف- شعبان ۱۳۵۳، نجف) مشهور به پیغمبر (بهبودی، ۱۲)، عموی آیت‌الله خامنه‌ای از شاگردان آخوند خراسانی، شریعت اصفهانی و دیگر بزرگان نجف بود و فردی آگاه به مسائل زمان و از رجال طرفدار مشروطه به شمار می‌رفت (آقابزرگ، ۶، مقدمه، ۱۳).
پدر آیت‌الله خامنه‌ای سیدجواد خامنه‌ای (۲۰ جمادی‌الآخر ۱۳۱۳، نجف/۱۶ آذر ۱۲۷۴، ۱۴تیر ۱۳۶۵) از علما و مجتهدان عصر خود بود که در نجف متولد شد و در کودکی همراه خانواده‌اش به تبریز آمد.
پس از اتمام دوره سطح، در حدود سال ۱۳۳۶ ق به مشهد مهاجرت کرد (آرشیو مرکز اسناد، همانجا) و در فقه و اصول از محضر بزرگانی همچون حاج آقا حسین قمی، میرزا محمد آقازاده خراسانی (کفائی)، میرزا مهدی اصفهانی و حاج فاضل خراسانی و در فلسفه از محضر آقابزرگ حکیم شهیدی و شیخ اسدالله یزدی بهره‌مند گردید (شریف، ۱۲۷/۷-۱۲۹؛ زنگنه۱۳۲/۱).
سپس در ۱۳۴۵ ق به نجف رفت و از حوزه درس میرزا محمدحسین نائینی، سیدابوالحسن اصفهانی و آقا ضیاءالدین عراقی کسب فیض کرد و از ۳ نفر یاد شده اجازه اجتهاد گرفت (شریف، ۱۲۷/۷؛ آرشیو مرکز اسناد، همانجا).
او در پی تصمیم بازگشت به ایران، راهی مشهد شد و در آن شهر اقامت گزید و ضمن تدریس، امامت مسجد صدیقیهای بازار مشهد (مسجد آذربایجانیها) را عهده‌دار گردید. (بهبودی، ۱۵)
او همچنین از امامان جماعت مسجد جامع گوهرشاد نیز بود (زنگنه، ۷۷. ۱). وی علاقه زیادی به مطالعه داشت. مباحثات علمی روزانه وی با هم‌ردیفان از جمله حاج میرزا حسین عبایی، حاج سید علی‌اکبر خویی، حاج میرزا حبیب ملکی و... ده‌ها سال ادامه داشت.
همچنین وی فردی پرهیزگار و بی‌توجه به امور دنیوی بود و زندگی زاهدانه‌ای داشت (گلشن، همانجا). پس از پیروزی انقلاب اسلامی با آنکه فرزندانش به مقامات عالی سیاسی و اجرایی رسیدند، همچنان به زندگی زاهدانه خود ادامه داد.
به دلیل بهره‌مندی از کمالات انسانی همواره مورد وثوق مردم بود. او در ۱۴ تیر ۱۳۶۵ درگذشت و در رواق پشت ضریح مطهر امام رضا (ع) به خاک سپرده شد (زنگنه، همانجا).
امام خمینی (ره) در پیام تسلیتی به آیت‌الله خامنه‌ای به مناسبت فوت پدرش، آیت‌الله سیدجواد خامنه‌ای را عالمی باتقوا و متعهد برشمرد (صحیفه...، ۷۱/۲۰).
بانو میردامادی (۱۲۹۳-۱۳۶۸ش)، مادر آیت الله خامنه‌ای بانویی زاهد، متشرع، آمر به معروف و ناهی از منکر، آشنا با آیات قرآن، احادیث، تاریخ و ادبیات بود.
او در جریان مبارزه با رژیم پهلوی بسیار صبور و با فرزندان مبارزش، به ویژه آیت‌الله خامنه‌ای همگام بود (آرشیو مرکز اسناد، شمـ۱۲۲۶).
آیت‌الله سیدهاشم نجف‌آبادی (میردامادی) (۱۳۰۳-۱۳۸۰ ق)، جد مادری آیت‌الله خامنه‌ای (از خاندان میرداماد فیلسوف مشهور عصر صفویه) از شاگردان آخوند خراسانی و میرزا محمدحسین نائینی، از علما و مفسران قرآن و از ائمه جماعت مسجد گوهرشاد بود (آقابزرگ، ۵۵۹/۲) و در عین حال به امر به معروف و نهی از منکر اهتمام ویژه‌ای داشت و در پی اعتراض به کشتار مردم در مسجد گوهرشاد در دوره رضاشاه، به سمنان تبعید شد (تاریخ علما...، ۳۰۸؛ قاسم‌پور، ۶۰) .
آیت‌الله خامنه‌ای از سوی مادر به محمد دیباج فرزند امام جعفر صادق (ع) نسب می‌رساند (زنگنه، ۴۵۸/۱).
