در این شرایط و با توجه به اینکه تا انتخابات مجلس سوم در فروردین 67 زمان زیادی باقی نمانده بود، علی‌اکبر محتشمی‌پور وزیرکشور که مسئول امنیت کشور نیز به حساب می‌آمد، به این نتیجه رسید که نهضت‌آزادی‌ها که اکنون تریبونی در دست‌شان نیست و در مجلس نیستند، اینگونه با آرمان مردم می‌ستیزند، اگر به مجلس راه یابند، چه خواهند کرد.
به اعتقاد محتشمی‌پور «اعلام مواضع نهضت‌آزادی‌ها علیه رزمنده‌ها در حالی بود که در هیچ کشوری از دنیا در زمان جنگ به هیچ حزبی اجازه فعالیت داده نمی‌شد و کوچک‌ترین حرف علیه نظامیان مساوی نابودی آنهاست، ولی این‌ها( نهضت‌آزادی‌ها) هر روز علیه رزمندگان حرف می‌زدند و از پشت خنجر می‌زدند؛ آن وقت به مجلس هم می‌خواستند بروند. گرچه ممکن بود رأی هم نیاورند، اما احتمال داشت چند نیروی آن ها به مجلس برود و آن وقت نمی‌شد اوضاع را جمع کرد.»
بر همین اساس در سی‌ام بهمن ماه سال 1366 ، سید علی اکبر محتشمی پور وزیر وقت کشور نامه‌ای به همراه مواضع و اطلاعیه‌های نضهت‌آزادی را خدمت امام خمینی (ره) ارسال کرد. او با اشاره به عملکرد «نهضت آزادی»، از ایشان در خصوص صلاحیت آنان برای شرکت در انتخابات مجلس شورای اسلامی کسب تکلیف کرد.
وی در این نامه به قدامات دولت موقت پس از ترک قدرت اشاره کرد و آورده: «نهضت آزادی پس از استعفا و برکناری دولت موقت پیوسته در جهت اعلام مخالفت با دولت جمهوری اسلامی، مجلس شورای اسلامی و حتی قوه قضاییه و مغشوش کردن اذهان بوده است.»
به نوشته محتشمی‌پور، «مسئولین نهضت با سمپاشی‌های خود نسبت به سیاستهای دولت، دفاع مقدس و جنگ، مساله برائت از مشرکین و فاجعه خونین مکه مکرمه، جهاد مالی و تصمیمات شورایعالی پشتیبانی جنگ و بالاخره فرمایشات اخیر حضرت امام روحی فداه راجع به حکومت و ولایت مطلقه، در جهت مبارزه و تضعیف نظام جمهوری اسلامی گام برداشته‌اند.»
وزیر کشور اضافه کرده: «با توجه به اهمیت و نقش سرنوشت‌ساز مجلس شورای اسلامی، نهضت‌آزادی در ماه‌های اخیر فعالیت گسترده‌ای را جهت به اجرا درآمدن قانون احزاب و آزادی فعالیت سیاسی آنان و نیز حرکت تبلیغاتی گسترده‌ای راجع به انتخابات و راه‌یافتن به مجلس را آغاز کرده است.»
او در ادامه به اظهارنظر مورخه 66.10.5 ابراهیم یزدی مبنی بر اینکه «برگزاری انتخابات مستلزم وجود جامعه باز است، اگر رفتیم واقعاً مفید خواهیم بود و نخواهیم گذاشت این فتاوی را به زور بر مردم تحمیل کنند، شخصی که از طرف نهضت به مجلس برود مسلماً از این توپ و تشرها جا نخواهد زد, اگر قرار باشد مملکت را با " فتوا" اداره کنند, بنده پیشنهاد می‌کنم که, مجلس را ببندند و خوابگاه دانشجویان کنند.» اشاره کرده و افزوده: «نهضت آزادی راجع به جنگ و دفاع مقدس که در بیانیه‌ای تحت عنوان "جنگ بی‌پایان" آمده چنین است:« . . . آنچه فعلا دیده می‌شود جنگی است بی‌پایان که می‌تواند پایان دنیا باشد، پایان ایران و مردم ایران باشد...، گفته‌اند حتی اگر یک خانه هم در ایران سرپا بماند، باز به جنگ ادامه خواهیم داد و اگر یک نفر باقی بماند، آن یک نفر هم جنگ خواهد کرد، آیا این مترادف با چیزی جز «جنگ جنگ تا نابودی» هست.»
به نوشته وی، نهضت آزادی راجع به «حکومت و ولایت مطلقه» اطلاعیه‌ای منتشر کرده که در آن آمده است: «این چه فرمانی است و چه انقلابی در ایران و اسلام، که حکومت را در موضع بالاتر از فرستاده خدا قرار داده به او اختیار می‌دهد بر خلاف نص صریح و شاورهم فی‌الامر و بدون مشورت با امت تصمیم‌گیری در مصالح دولت و امور ملت نماید...»
محتشمی‌پور با عنایت به مراتب فوق از محضر امام خمینی ارشاد می‌خواهد که: «1- آیا نهضت‌آزادی با چنین عقاید و تفکراتی می‌تواند به عنوان یک سازمان حزب و تشکیلات سیاسی در جمهوری اسلامی به رسمیت شناخته شود. 2- در حالی‌که ماده سی، قانون انتخابات از جمله شرایط تایید صلاحیت داوطلبان نمایندگی مجلس شورای اسلامی را: الف) اعتقاد و التزام عملی به اسلام و ب) اعتقاد و التزام عملی به نظام جمهوری اسلامی ایران می‌داند، آیا نهضت آزادی صلاحیت دارد که در انتخابات مجلس شورای اسلامی شرکت نموده و نماینده‌ای در مجلس داشته باشد؟»
وی در پایان نامه از درگاه خداوند متعال طول عمر حضرت امام و پیروزی عاجل رزمندگان اسلام را مسئلت می‌کند.
پس از بررسی این نامه و پیوست‌های همراه آن که مربوط به مواضع و اطلاعیه‌های نهضت‌آزادی است، حضرت امام خمینی (ره) پاسخی به شرح ذیل به وزیر کشور و سران قوا ارسال می کنند.
بسم‌الله‌الرحمن‌الرحیم
جناب حجت‌الاسلام آقای محتشمی، وزیر محترم کشور (ایده الله تعالی)
در موضوع نهضت به اصطلاح آزادی مسائل فراوانی است که بررسی آن محتاج به وقت زیاد است.
آنچه باید اجمالاً گفت آن است که پرونده این نهضت و همین‌طور عملکرد آن در دولت موقت اول انقلاب شهادت می‌دهد که نهضت به اصطلاح آزادی طرفدار جدی وابستگی کشور ایران به آمریکا است، و در اینباره از هیچ کوششی فروگذار نکرده است، و حمل به صحت اگر داشته باشد، آن است که شاید آمریکای جهانخوار را، که هرچه بدبختی ملت مظلوم ایران و سایر ملتهای تحت سلطه او دارند از ستمکاری اوست، بهتر از شوروی ملحد می‌دانند. و این از اشتباهات آنها است.
در هر صورت، به حسب این پرونده‌های قطور و نیز ملاقات‌های مکرر اعضای نهضت، چه در منازل خودشان و چه در سفارت آمریکا و به حسب آنچه من مشاهده کردم از انحرافات آنها، که اگر خدای متعال عنایت نفرموده بود و مدتی در حکومت موقت باقی مانده بودند ملتهای مظلوم بویژه ملت عزیز ما اکنون در زیر چنگال آمریکا و مستشاران او دست و پا می‌زدند و اسلام عزیز چنان سیلی از این ستمکاران می‌خورد که قرنها سر بلند نمی‌کرد، و به حسب امور بسیار دیگر، نهضت به اصطلاح آزادی صلاحیت برای هیچ امری از امور دولتی یا قانونگذاری یا قضایی را ندارند، و ضرر آنها، به اعتبار آنکه متظاهر به اسلام هستند و با این حربه جوانان عزیز ما را منحرف خواهند کرد و نیز با دخالت بی‌مورد در تفسیر قرآن کریم و احادیث شریفه و تاویلهای جاهلانه موجب فساد عظیم ممکن است بشوند، از ضرر گروه‌کهای دیگرف حتی منافقین این فرزندان عزیز مهندس بازرگان(1)، بیشتر و بالاتر است.
«نهضت آزادی» و افراد آن از اسلام اطلاعی ندارند و با فقه اسلامی آشنا نیستند. از این جهت، گفتارها و نوشتارهای آنها که منتشر کرده‌اند مستلزم آن است که دستورات حضرت مولی الموالی امیرالمومنین را در نصب ولات و اجرای تعزیرات حکومتی که گاهی بر خلاف احکام اولیه و ثانویه اسلام است، بر خلاف اسلام دانسته و آن بزرگوار را نعوذبالله تخطئه، بلکه مرتد بدانند! و یا آنکه همه این امور را از وحی الهی بدانند که آن هم بر خلاف ضرورت اسلام است.
نتیجه آنکه نهضت به اصطلاح آزادی و افراد آن چون موجب گمراهی بسیاری از کسانی که بی‌اطلاع از مقاصد شوم آنان هستند می‌گردند، باید با آنها برخورد قاطعانه شود، و نباید رسمیت داشته باشند.
والسلام علی من اتبع الهدی. توفیق جنابعالی را از خداوند تعالی خواستارم.
روح الله الموسوی الخمینی
