تا سال 2003 وی در سایه حاشیه امنی که صدام حسین در عراق برای او به وجود آورده بود در پادگان اشرف به سر می برد اما بعد از اشغال عراق در سال 2003 و سقوط حکومت صدام حسین به این سو، وی زندگی مخفی در پیش گرفته است. رجوی به جنایات تروریستی متعددی در ایران و عراق محکوم است.
در سال 2008 میلادی دادگاهی در عراق وی و 38 تن از فرماندهان مجاهدین خلق را به خاطر قتل عام کردها و شیعیان این کشور در سال 1991 به جنایت علیه بشریت متهم کرد.
رجوی در اختفا به شیوه ایمن الظواهری و دیگر رهبران گروه ها و سازمان های تروریستی برای ساکنان لیبرتی پیام های ویدوئی می فرستد. وی سعی دارد در مناسبت های مختلف با ارسال پیام هایی به ساکنان لیبرتی از فراموش شدنش جلوگیری نموده، شاید امیدی در روح مرده ساکنان لیبرتی بدمد.
زندگی مخفی و پیام های ویدئوی تنها شباهت رجوی با ایمن الظواهری نیست. رجوی نیز مدام دستور قتل و کشتار و جنگ می دهد. وی در آخرین پیام ویدئوئی اش خطاب به اعضاء این گروه در لیبرتی که عمدتا به دنبال فرار و جدا شدن از این فرقه هستند می گوید: "اکنون نوبت آن فرا رسیده که سازو برگ جنگ را برتن کرده و از انقلاب مریم دفاع کنید." پخش سخنان رجوی در یک فضای حماسی که با پخش آهنگ لری "دایه دایه وقت جنگه" صورت می گیرد، تلاش وی برای زنده نگه داشتن روحیه خشونت طلبی و تروریستی ساکنان لیبرتی است اما ظاهرا رجوی بر گوری گریه می کند که در آن مرده ای نیست. زیرا این افراد تحت آموزه های فرقهای مجاهدین خلق در طول 27 سال گذشته دچار افسردگی های روحی روانی شدیده و به عنوان افرادی بیمار نیازمند مراقبت هستند تا آهنگ های حماسی.
آنها از کوچکترین فرصت های به دست آمده استفاده کرده و با فرار از لیبرتی خود را تسلیم نیروهای عراقی می کنند که مسئول تامین امنیت کمپ هستند.
سخنان اخیر رجوی مبنی بر اینکه " از انقلاب مریم دفاع کنید. همان انقلابی که روزی خودتان و رودر روی خود من آن را ناموس وهمه چیز خود نام گذاری کردید و نگذارید رنج ودرد ربع قرن که خودتان پیش قراول آن بودید وبا گوشت و پوست خودتان آن را به ثمر رسانده بودید، پایمال شود. چه در لیبرتی وچه در آلبانی نباید اجازه دهید که طعمه وطعمه پروری تیف وتف وتیف نیز در بین شما رایج پیدا کند" نشان می دهد که خود وی نیز کاملا واقف است ساکنان لیبرتی به دنبال جدا شدن از فرقه و بازگشت به زندگی عادیشان هستند.
