وی در زندگی نامه خودنوشت خود می نویسد:در اوایل کودکی حدود 4 سال در نجف اشرف که پدرم برای تحصیل علوم دینی در آن جا اقامت داشت به مکتب رفتم و سپس همراه پدرم به وطن بازگشته و مقداری از مقدمات علوم دینی را نزد ایشان فرا گرفتم.زمانی که پدرم را از دست دادم، برای جامه عمل پوشاندن به توصیه اکید آن مرحوم نسبت به اشتغالم به علوم دینی، به شهرستان اردبیل سفر کرده چند ماهی را برای فرا گرفتن صرف و نحو در آن جا سپری نمودم تا این که سرانجام توفیق یافتم که به زیارت عالمی متقی نائل آیم,وی کسی بود که از میان کشته شدگان و زخمیان مسجد گوهرشاد مشهد که به دستور دیکتاتور ایران، رضاخان پهلوی مورد تهاجم قرار گرفتند، نجات یافته بود، پس از آشنایی با این عالم بزرگوار بر آن شدم تا به همراه وی و دیگر طلاب اردبیل به سوی شهرستان قم به قصد ادامه تحصیل سفر کنم.
در دوران پهلوی اول در مدرسه فیضیه قم مشغول به تحصیل و مدتی در درس مرحوم آیت الله حجت کوه کمری، درس خارج مرحوم آیت الله بروجردی و آیت الله محقق داماد حاضر شده و از محضر این استادان کسب فیض کرد، بعد از وفات آیت الله بروجردی و فشار و تقابل علنی رژیم پهلوی دوم با دین و مرجعیت شیعه و قیام امام خمینی(ره) با امام همراه و در مبارزات علنی ضد شاه به فعالیت، سخنرانی و تبلیغ مشغول شد.
علاقه زیادی به مطالعه و تالیف, تحصیل داشتم
آیت الله مشکینی در زندگی نامه خود می نویسد: در جریان این مبارزات چندین بار در ساواک و شهربانی قم زندانی شدم و در پی جلسات مخفی که به طور مرتب در قم به منظور تبادل نظر در زمینه به اجرا گذاردن منویات و یا دستورات امام امت انجام می شد، تحت تعقیب قرار گرفتم و نزدیک 4 ماه در تهران متواری شده و با اسم مستعار با دوستان تماس داشتم، ولی اغلب دوستان هم رزمم دستگیر و به زندان قصر و اوین رهسپار شدند، در این ایام چندین بار از سوی مرحوم آیت الله طالقانی که وی نیز زندانی بود، پیام رسید که زندگی مخفی را رها کن تا دستگیرت کنند زیرا زندان بهتر از آن حال است و اغلب دوستان و جوانان مسئول و متعهد را در زندان حداقل زیارت می کنی ولی من به دلیل علاقه زیادی که به مطالعه و تالیف,تحصیل داشتم و می ترسیدم در زندان وسایل کارم یافت نشود، علنی نشده و در این دوران موفق به تالیف چندین کتاب شدم و سرانجام پس از 4 ماه ایران را به قصد عراق ترک گفتم.
وی مبارزات فراوانی در جهت به تحقق پیوستن انقلاب انجام داد و یکی از بارزه های مهم ایشان عدم ترس و آگاهی فراوان وی به موضوعات روز بود، بعد از ترک ایران به مقصد عراق در نجف اشرف به مدت 7 ماه از درس امام(ره) و سایر مراجع کسب فیض کردند.
ناسازگاری آب وهوا و بیماری، ایشان را از ماندن در نجف اشرف باز داشت و آیت الله مشکینی بعد از 7 ماه اقامت در نجف اشرف در حضور دوستانی که برای ملاقات با وی به منزل ایشان آمده بودند از سوی ساواک بازداشت شد.
ایشان در زندگی نامه خود می نویسد: در روز نخست که برخی از رفقا به ملاقاتم آمده بودند، از سوی ساواک جلب شدم والتزام گرفتند که باید تا 48 ساعت دیگر از قم خارج شوم و فردای آن روز به مشهد مقدس حرکت کردم و نزدیک 15 ماه در حوزه مشهد مشغول تدریس شدم و بار دیگر به حوزه قم باز گشتم.
وی پس از بازگشت به قم در جلسات مخفیانه که پخش ابلاغ اوامرو سخنان امام مورد بررسی قرار می گرفت شرکت کرده و جالب آنجاست هیچ اعلامیه و حرکتی بر ضد رژیم شاهنشاهی انجام نمی گرفت مگر اینکه آیت الله مشکینی نیز در آن شرکت می جست.
بعد از مدتی 27 تن از طلاب و اساتید حوزه علمیه طبق نظر ساواک عاملان تخریب و خرابکار معرفی و حکم تبعیدشان صادر شد و در این برهه که برای بسیاری از فضلا و مدرسان حوزه علمیه تهدید و تبعید شدند، حکم 3 سال تبعید آیت الله مشکینی نیز صادر شد.
ایشان در زندگی نامه خود می نویسد: در زمان صدور حکم به لحاظ تعطیلی تابستان چند صباحی زادگاه اصلی ام مشگین شهر سفر کرده و در خانه پدری در روستای خود به دیدار ارحام نائل آمدم اما طولی نکشید که از سوی ماموران امنیتی بازداشت و به ساواک قم تحویل داده شدم، از آن جا چند ساعتی مرا به شهربانی بردند و پس از سوالاتی برگه رسمی تبعید را ابلاغ و به سوی ماهان کرمان روانه ام کردند.
با وجود تمام فشارها و مراقبت ها نماز جمعه را اقامه می کردند
آیت الله مشکینی مدت یک سال در آنجا تحت مراقبت بود و با وجود تمام فشارها و مراقبت ها در آنجا نماز جمعه را اقامه می کردند، بعد از مدتی اجتماع پیرامون ایشان افزایش یافت و ساواک کرمان گزارشی را تهیه و به مرکز کشور فرستاد، بعد از گذشت چند روز توسط پاسگاه احضار و به کرمان فرستاده و از آن جا به گلپایگان تبعید شدند در حالی که خانواده اش همچنان در ماهان کرمان بود.
در گلپایگان مراقبت ها و فشارها بر روی آیت الله مشکینی افزایش یافت و وی نتوانست حتی نماز جماعت خویش را برگزار کند اما با این موج فشارها نیز آیت الله مشکینی برای معلمان و دبیران تفسیر قرآن را شروع کرده بود، آن چه مورد توجه است این است که با تمام فشارهایی که قبل از انقلاب بر روی آیت الله مشکینی بود وی همیشه عاشقانه در جهت تحصیل علم و تدریسحرکت می نمود, آنچنان که مولای متقیان حضرت علی (ع) می فرمایند:ذکات علم,نشر آن است.
مرحوم حجت الاسلام والمسلمین محمدی گلپایگانی زمانی که آیت الله مشکینی در گلپایگان در تبعید به سر می برد با ایشان مراوده داشت و احوالشان را جویا بودیک سال پس از حضور در گلپایگان به ناگاه ایشان را به کاشمر منتقل کردند و در شهر کاشمر بیش از گذشته,فشارها بر روی وی افزایش یافت .
آیت الله علی اکبر فیض مشکینی در خاطرات خود می نویسد:یک سال دوباره محکوم به تغییر محل شدم و به صورت ناگهانی مرا به شهرستان کاشمر منتقل کردند و یک سال هم در آنجا تحت مراقبت شدیدتر از پیش قرار گرفتم.این بار در هر مسجدی که چند روز شروع به نماز می کردم,به سراغم آمده نمازم را تعطیل می کردند و حتی در گوشه مدرسه ای که توقف داشتم.
اجازه نماز جماعت نمی دادند و در تاریکی نماز جماعت می خواندیم
اجازه نماز جماعت ندادند و در تاریکی نماز جماعت می خواندیم و چندین بار رئیس شهربانی مرا تهدید کرد که عاقبت کار تو و خیم خواهد بود.ما هم حرفش را از گوشی به گوش دیگر تحویل داده مشغول کار بودیم واگر چنان چه مورد عنایت برخی از علمای آن جا قرار نگرفتم,مشمول محبت و الطاف خالصانه طلاب محترم و مردم شریف آن سامان شدم و در تمام این دوران زمینه قیام را در روحیه مردم به واسطه اظهار محبتی که از آنها نسبت به یک طلبه قم صادر می شد,امیدوار کننده می دیدم و سرانجام پس از تمام شدن مدت تبعیدی,رسما در میدان مبارزه وارد شدم و تا زمان پیروزی انقلاب با سایر رزمندگان راه اسلام علیه کفر در حد قدرت خویش شرکت کردیم,تا آنگاه که الطاف حق شامل حال ایرانیان شد و رهبری پیامبر گونه امام امت آنها را از ذلت و اسارت ابر قدرتها نجات داد و انقلاب اسلامی پیروز شد.
آیت الله مشکینی دردهه 1340 از موسسین مدرسه حقانی بود و دروس اخلاق و مکاسب را در آنجا تدریس می کرد. وی در آن دوران رسائل و مکاسب مرتضی انصاری را خلاصه کرد و با سبک وسیاق متفاوت با سایر مدارس حوزه علمیه در اختیار طلاب آن مدرسه قرار داد.
وی از سال 1361 تا پایان عمر پر برکت خود رئیس مجلس خبرگان رهبری و بعد از پیروزی انقلاب اسلامی امام جمعه دائم قم نیز بودند.
آیت الله مشکینی ، با تحقیق و نوشتن مانوس بود
آیت الله مشکینی ، با تحقیق و نوشتن مانوس بود و از این رو، در زمان حیاتشان چندین کتاب از وی منتشر شد که برخی از آنها بارها به چاپ رسید و پس از ارتحال ایشان نیز، بعضی از کتاب های منتشر نشده به زیور طبع آراسته شد.
آیت الله مشکینی ،به بیماری خونی مزمنی دچار بودند و در تیر ماه 1386 (نیمه رجب 1428) در بیمارستان بقیه الله بستری شد و عصر روز دوشنبه 8 مرداد 1386،در سن 86 سالگی دار فانی را وداع گفت,مراسم تشییع ایشان،در تهران و سپس در قم ، باحضور پرشور شخصیت های کشوری،لشگری ،علمی ، حوزوی و علاقه مندان وی برگزار شد.
پیکر آن مرحوم پس از اقامه نماز به امامت آیت الله مکارم شیرازی ،درحرم مطهر حضرت معصومه و در جوار قبور مراجع عظام تقلید آرام گرفت.به مناسبت رحلت ایشان مقام معظم رهبری و دیگر شخصیت ها و سازمان ها پیام تسلیت فرستادندو در سراسر کشور یک روز و در شهر قم دو روز عزای عمومی اعلام شد.
فهرست آثار ایشان در زمان حیات از این قرار است:
1-اصطلاحات الاصول
2-مصطلحات الفقه
3-الفقه الماثور(دوره فقه به شیوه نوین)
4-دروس فی الاخلاق(یک دوره اخلاق به زبان عربی)
5-الزواج فی الاسلام(دارای ترجمه فارسی با عنوان:ازدواج در اسلام)
6-المنافع العامه(شرح کتاب احیاءالموات((شرایع الاسلام)) )
7-مفتاح الجنان(کتاب دعا،تکمیل ((المصباح المنیر)) )
8-المواعظ العددیه(دارای ترجمه فارسی با عنوان :نصایح چهارده معصوم)
9-واجب و حرام احکام الزامی (دوره فقه)
10-قصارالجمل(احادیث کوتاه و موضوعی ،دردو جلد)
11-ترجمه قرآن کریم به فارسی
12-الهادی الی موضوعات نهج البلاغه
13-التفسیر المبسوط (تفسیر سوره آل عمران)
14-واجبات و محرمات(فهرست آنچه در شرع،واجب و حرام است،چه اعتقادی و چه عملی)
15- تفسیر سوره((ص))
16-مسلکنا فی العقائدو الاخلاق والعمل
17-زمین و آنچه درآن است
18-تقیلد چیست؟
19-قضاو شهادات
20-رساله فی الخمس (دارای ترجمه فارسی با عنوان:بحثی پیرامون خمس)
21-حاشیه توضیحی بر کتاب مضاربه ((العروه الوثقی))
22-تحریر المعالم (خلاصه ((المعالم)) )
23-الرسائل الجدیده(خلاصه ((رسائل )) شیخ انصاری)
24-التطورفی القرآن(دارای ترجمه فارسی با عنوان : تکامل در قرآن )
25-امر به معروف و نهی از منکر
26-کشکول حکمت
